أمر محمد سعد، مدير نيابة حوادث شرق القاهرة، وبإشراف المستشار مصطفى خاطر المحامى العام للنيابات، بضبط وإحضار مدير عام المدينة الجامعية للأزهر واستدعاء كل من رئيس جامعة الأزهر ومديرى المدن الجامعية والتغذية، وذلك للتحقيق معهم في واقعة التسمم التي أصابت المئات من الطلاب. كانت النيابة قد أمرت سابقا بتحريات مباحث التموين حول الواقعة للكشف عن الموردين وأسباب الواقعة وطبيعة المواد الغدائية المقدمة واستعجال التقارير الطبية بخصوص الطلاب المصابين وسرعة تقديم تحاليل مركز السموم والمعامل المركزية الخاصة بقئ الطلاب وعينات دمهم، للكشف عما إذا كان هناك تسمم فى الطلاب من عدمه أم أنه مجرد تلوث معوى. وتحفظت النيابة على المطبخ والمطعم الخاص بالمدينة الجامعية وتم أخذ عينات منه وتحليلها بالمعامل المركزية التابعة لوزارة الصحة، حيث وجهت النيابة لهم اتهامات بتداول أغذية مغشوشة وإصابة خطأ، إلا أنهم أنكروا الاتهامات الموجهة إليهم، وقالوا فى التحقيقات إنهم استلموا الأطعمة التى تسلموها من الموردين كانت بشكل جيد وتم فحصها من قبل المختصين بذلك، ولم يكن هناك ثمة أى شىء يكشف أن الأطعمة ملوثة.