كشف مندوبو الجهاز المركزي للمحاسبات، خلال الجمعيه العموميه للأطباء، عن وجود العديد من المخالفات بالنقابة، منها عدم اتباع النقابة المباديء المحاسبية المتعارف عليه، وانعدام الرقابة على حاسبات الداخلية، وعدم تحقيق دورة مستندية للرقابة على المصروفات والإيرادات، ووجود عجز في حسابات النقابة والخلط بين حسابات لجنة الإغاثة الإنسانية وحسابات النقابة العامة للأطباء. وأكدت دكتورة مني جادو- مدير الجهاز المركزي للمحاسبات، على وجود عجز فى كل من لجنة إغاثة الإسماعيلية يبلغ 45 ألف جنيه، ووجود عجز فى ميزانية القليوبية قيمته 13 ألف جنيه. وأضافت جادو الي أن تقرير الجهاز المركزي، هو من أجل تصويب الحسابات القديمة، التي كانت موجودة قبل المجلس الحالي، وأن التقرير الذي عرض كان عن ميزانية 2011 وليس عن ميزانية 2012، وأن التقرير لم يشمل إلى تقرير النقدية فقط عن 2012. من جانبهم أكد مسئولوا النقابة أنهم لن يتهاونوا في حالة ثبوت المخالفات، وسيتم تحويلها إلى الجهات المختصة، وأن ما تمَّ عرضه مجرد ملاحظات سيتم الرد عليها، وأنها لم تصل المجلس إلا قبل انعقاد الجمعية العمومية بساعة واحدة. وفى نفس السياق، أكد الدكتور أسامة عبد الوهاب- نقيب أطباء القليوبية أنه يجرى تحقيق مستمر مع مدير الخزينة، والذي أثبت وجود لديه عجز فى الميزانيه يقدر ب 13 الف جنية. وأشارعبد الوهاب أن النقابة الفرعية بالقليوبية كانت قد أرسلت للجهاز المركزي للمحاسبات، تفيد بأن هناك عجز في لجنة الإغاثة وتم إرسال تقرير إلي الجهاز، لطلب التحقيق في الوقت الذي نفى فيه الجهاز تلقي أي من هذه الطلبات. يذكر أنه خلال الجمعية الطارئة، اعترض تيار الإستقلال بالنقابة والمتمثل في "اطباء بلا حقوق " علي حديث الجمعية العمومية متهمين أعضاء المجلس بمحاولة التدليس علي تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات لمحاولة إخفاء دليل إدانتهم.