تستعد الكنيسة حاليا لاستكمال مراسم وداع البابا شنودة الثالث, وحسب التقليد الكنسي فمن المنتظر أن يتم تحنيط جثمان نيافته ووضعه مرتديا الزي البابوي كاملا على كرسي مارمرقص داخل الكنيسة الكبرى بالكاتدرائية المرقسية ليقوم كل محبيه وملايين الأقباط بإلقاء النظرة الأخيرة على الجثمان. وسيجتمع المجمع المقدس للكنيسة القبطية الارثوذوكسية صباح غد برئاسة أكبر الأساقفة سنا الأنبا ميخائيل أسقف أسيوط لبحث ترتيبات الجنازة ومراسم التشييع. وسيسمح للجميع بالدخول لإلقاء نظرة الوداع على البابا لمدة 3 أيام قبل أن تتم مراسم الصلاة الجنائزية رسميا. إلى ذلك, أكدت الكنيسة ان الانبا باخوميس مطران البحيرة سيتولي كرسي البابوية “مؤقتا” لحين انتخاب بابا جديد للمسيحيين بعد مرور 40 يوما علي رحيل البابا شنودة.