أثار انتشار «المساجد القطرية» التي يتم بناؤها بأموال رجال أعمال ومواطنين قطريين على أرض محافظة البحيرة، أزمة حادة بين عدد من نواب البرلمان الذين اعتبروا ذلك تعزيزًا لنفوذ دولة قطر على الأراضي المصرية، بينما اعتبره مسؤولو وزارة الأوقاف عملًا خيريًّا لا يمكن مصادرته لمجرد وجود خلافات سياسية بين الدول، في حين أكد رجال القانون أنه لا توجد أي موانع قانونية في تبرع أي مواطن لأعمال الخير. وتباينت التقديرات حول أعداد تلك المساجد، ففي الوقت الذي أكدت فيه أمل زكريا، عضو البرلمان، أنها تتجاوز 70 مسجدًا فإن مدير أوقاف البحيرة، ذكر محمد العش، مدير أوقاف البحيرة، أنها لا تتجاوز عدد أصابع اليد الواحدة، لكن بدت الأزمة وكانها نموذجًا لتداخل الدين في السياسة. النائبة أمل زكريا التي فجرت تلك القضية، أكدت أن بناء المساجد لا يجب أن يكون مشروطًا بوضع لافتة عليها باسم المتبرع، طالما التبرع لوجه الله، مطالبة بإطلاق أسماء الله الحسنى أو أسماء الشهداء على المساجد الجديدة، مضيفة أن كبار المشايخ من دولة قطر يتوسعون في بناء المساجد داخل محافظة البحيرة، لدرجة أنهم أزالوا اسم أحد الشهداء ويدعى عبد السميع إدريس، من على مسجد بأبو حمص، وتم وضع اسم أحد القطريين عليه بعد إعادة ترميمه مرة أخرى. وطالبت بتقنين التبرعات الواردة من الدول العربية، التي تخصص لبناء المساجد خاصة قطر، ومن الأفضل أن يسلم المتبرع قيمة التبرع لوزارة الأوقاف مباشرة على أن تتولى الوزارة بناء المساجد بالمناطق الأكثر احتياجًا، وذلك ضمن اختصاصاتها للإشراف على الدعوة وبناء المساجد. وأضافت النائبة أن البحيرة شهدت بناء أكثر من 70 مسجدًا، تم وضع لافتات عليها ولوحات تحمل أسماء مشايخ وسيدات قطريين، مشيرة إلى أن الدافع وراء إبراز مدى تغلغل النفوذ القطري في المجتمع المصري، وهذا الأمر مرفوض شكلًا وموضوعًا، خاصة أن قطر هي الراعية لجماعة الإخوان الإرهابية. فيما نفى الشيخ محمد شعلان، وكيل وزارة الأوقاف بالبحيرة، ما قالته نائبة البرلمان، مؤكدًا أن المساجد التي تم بناؤها بتبرعات من شخصيات قطرية لا تتعدى أصابع اليد الواحدة، وبمجرد الانتهاء من أعمال البناء يتم تسليمها لوزارة الأوقاف لإدارتها ولا تخضع تلك المساجد لإدارة أي جهة أخرى، مشيرًا إلى أن تلك المساجد بنيت منذ عدة سنوات وقبل أي خلاف سياسي مع قطر، مضيفًا أنه لا يمكن المصادرة على أعمال الخير وبناء المساجد تحت زعم جنسية المتبرعين من الدول العربية والإسلامية، والخلاف مع دولة قطر سياسي وليس مع الشعب القطري. وأكد جمال خطاب، رئيس لجنة الحريات بنقابة المحامين، أنه لا يوجد أي مانع قانوني في تبرع أي مواطن سواء عربي أو أجنبي لبناء مساجد، مضيفًا أنه رغم رفضه سياسات قطر الرسمية تجاه مصر إلَّا أنه يوافق على التبرع ببناء المساجد، وانتقد خطاب تفرغ عدد من النواب داخل البرلمان لإثارة قضايا فرعية بدلًا من الانشغال بدورهم الحقيقي الذى يجب أن يقوموا به، وهو الرقابة على الحكومة ووقف معاناة المواطن وإنهاء التشريعات المؤجلة منذ انعقاد البرلمان.