وجه الأزهر الشريف رسالة إلي الرئيس الجديد المنتخب الدكتور محمد مرسي، قال فيها:إن الأزهر الشريف يشارك الشعب كله يومه التاريخي بهذا الإنجاز الديموقراطي الذي مارس فيه الشعب حقه في اختيار رئيسه بكل حرية وأمانة. كما توجه للرئيس بالتهنئة والدعاء بالتوفيق والسداد، ويذكره بعهوده للأمة من أن يكون رئيسًا لكل المصريين، علي اختلاف آرائهم وعقائدهم الدينية، وانتماءاتهم الحزبية، فهو الآن ممثل لهم جميعًا، ولابد أن ينسي أي وصف آخر. وأن يذكر أنه مسئول عن حماية حقوق المصريين : الإنسانية والسياسية والاجتماعية، والأزهر علي ثقة من أن رئيس مصر الجديد سوف يرعي يتقي الله في كل صغيرة وكبيرة تتعلق بالمساواة العامة في حقوق المواطنة بين المصريين جميعا: مسيحيين ومسلمين علي السواء. ويذكر الأزهر رئيس مصر الجديد بالأولويات الملحة، ويدعوه لبذل كل جهوده وجهود فريقه الرئاسي للمبادرة بحل المشكلات الحقيقية التي يئن منها شعبنا الصابر الأبيّ. والأزهر الشريف، معقل علوم الإسلام ينتظر من الرئيس الجديد أن يقيم الدولة الوطنية الديموقراطية الدستورية الحديثة علي دعائم ثابتة من المقاصد العليا للشريعة الإسلامية وفضائل الإسلام التي تمثل القيم العليا التي يجتمع عليها الجميع.