رغم الاعتراف بجدية الباحث وجديده ورؤيته المتميزة في الدراسات الاسلامية... رفضت (لجنة الترقيات) للمرة الثالثة ترقيته العلمية إلي درجة (أستاذ مساعد) للفلسفة الاسلامية بجامعة القاهرة بدعوي أن البحوث المتقدم بها (في مجملها بحاجة إلي توثيق أكثر بالرغم مما بها من أفكار جديدة)! والحقيقة أن د.علي مبروك لا يعرف السيرالي جوار الحائط..هو ليس مطيعا بالدرجة الكافية لا يستمع إلي الكلام ولا يردد ما يريدون سماعه.. هو باحث خارج السرب دائما رغم نصيحة أستاذه بالانحناء للعاصفة حتي يمكن ترقيته! د.علي مبروك باحث مختلف لا ينتمي للسمع والطاعة ولا يميل حيث تميل ثقافة الفقهاء والمشايخ...علي العكس كانت منهجيته طوال مشواره البحثي هي نزع أقنعة القداسة عن رموز الثقافة الاسلامية التقليدية (الأشعري والشافعي) وأعمال العقل وطرح السؤال علي النص.. في 1980 تخرج من قسم فلسفة بجامعة القاهرة وبعد 8 سنوات كانت رسالته في الماجستير حول موضوع (النبوة من علم العقائد إلي فلسفة التاريخ) قيل أن المناقشة يومها كادت أن تتسبب في فصله من الجامعة!.. وفي 1995 ناقش د. مبروك رسالته للدكتوراة حول (الامامة والسياسة) وتواصلت اصداراته (ماوراء الأصول) و(الحداثة بين الجنرال والباشا). وصف د. حسن حنفي رسالة د.مبروك للماجستير (بأنها فتحا جديدا في الدراسات الاسلامية) واعتبره في مجمل أبحاثه (صاحب رؤية في تطور الوعي العربي من منظور تاريخي) و(أحد ممثلي جيل ما بعد الهزائم من أجل تأسيس محكم لنهضة عربية ثانية) هذا ما قاله ويقوله دائما د.حسن حنفي (مقررلجنه الترقية بفلسفة القاهرة) التي رفضت ترقية د. مبروك للمرة الثالثة!! هل هي إعادة انتاج لقصة "نصر حامد ابو زيد" مع الجامعة رفض ترقيته عام 1995 وتكفيره وإبعاده عن الجامعة ثم عن مصر كلها إلي أمستردام أستاذا في جامعة ليدن...!! هو حال الجامعةلايزال..نفس العقليات التكفيرية نفس المنطق القديم والخوف من التفكير النقدي ومحاربة الاختلاف..نفس المنهجية التي تعود بالجامعة إلي الوراء وتخرجها من التصنيف العلمي العالمي للجامعات!
