أعربت 17 منظمة حقوقية عن صدمتها البالغة ورفضها القاطع والنهائي للقرار الصادر عن وزير العدل رقم 4991 لسنة 2012، والمنشور في الجريدة الرسمية بتاريخ اليوم 13 يونيو 2012 والذي يعطي ضباط وضباط صف المخابرات الحربية والشرطة العسكرية سلطة الضبطية القضائية في الجرائم التي تقع من المدنيين (غير العسكريين). وأوضحت المنظمات -فى بيان مشترك لها الاربعاء- أن هذا القرار بما ينطوي عليه من صلاحيات استثنائية لا سند لها في القانون تشكل التفافًا صارخًا على الإنهاء الرسمي لحالة الطوارئ. واستغربت المنظمات الموقعة السياسة المتبعة من المجلس العسكري فى إدارة الملف الأمني، فبدلاً من قيام الحكومة المصرية التى عينها ويحميها المجلس الأعلى للقوات المسلحة باتخاذ خطوات جادة فى ملف إعادة هيكلة وتطهير وزارة الداخلية، يؤسس القرار لأدوار داخلية ومريبة لأجهزة دورها الحقيقي فى حماية مصر من الخارج. واعتبرت المنظمات أن صدور القرار في هذا التوقيت وقبل أسبوعين فقط من تنفيذ المجلس الأعلى للقوات المسلحة لتعهداته بتسليم السلطة إلى رئيس منتخب يضاعف من الشكوك المثارة حول مصداقية هذا التعهد و يرجح الاستنتاجات التي تذهب إلى أن التسليم الصوري للسلطة لن يمنع المؤسسة العسكرية من أن تظل لاعبًا رئيسيًا في إدارة الحياة السياسية. ورأت هذه المنظمات أن مثل هذا القرار هو تقنين بعيد المدى لعملية إحالة المدنيين للقضاء العسكري، ونحمل المسئولية في هذا الصدد للبرلمان الذي لعب دورًا هامشيًا في هذا الصدد وانتصر للتعديلات المقدمة من اللواء ممدوح شاهين عضو المجلس الأعلى للقوات المسلحة ولم يلتفت للتعديلات التي تقدمت بها منظمات وقوى مدنية أخرى. وطالب الموقعون على البيان أن ينهض مجلس الشعب وأعضاءه بمسئولياتهم وأن يتقدموا بطلبات إحاطة واستجوابات لوزير العدل لمعرفة أسباب صدور هذا القرار. يشار إلى أن المنظمات الموقعة على البيان، هى الشبكة العربية لمعلومات حقوق الإنسان، و المركز المصري للحقوق الاقتصادية والاجتماعية، مركز النديم لتأهيل ضحايا العنف والتعذيب، مؤسسة حرية الفكر والتعبير، مركز هشام مبارك للقانون، ومركز القاهرة لدراسات حقوق الإنسان، المبادرة المصرية للحقوق الشخصية، مؤسسة قضايا المرأة المصرية، جمعية نظرة للدراسات النسوية، جمعية حقوق الإنسان لمساعدة السجناء، الجمعية المصرية للنهوض بالمشاركة المجتمعية، مؤسسة الكرامة لحقوق الإنسان، مؤسسة المرأة الجديدة، المنظمة العربية للإصلاح الجنائي، مركز أندلس لدراسات التسامح ومناهضة العنف، المنظمة المصرية لحقوق الإنسان، المؤسسة المصرية للنهوض بأوضاع الطفولة.