أكدت 15 منظمة حقوقية عن صدمتها البالغة ورفضها القاطع والنهائي للقرار الصادر عن وزير العدل رقم 4991 لسنة 2012، والمنشور في الجريدة الرسمية بتاريخ اليوم 13 يونيو 2012 والذي يعطي ضباط وضباط صف المخابرات الحربية والشرطة العسكرية سلطة الضبطية القضائية في الجرائم التي تقع من المدنيين "غير العسكريين". واستنكرت المنظمات الموقعة السياسة المتبعة من المجلس العسكري فى إدارة الملف الأمني، فبدلاً من قيام الحكومة المصرية التى عينها ويحميها المجلس الأعلى للقوات المسلحة باتخاذ خطوات جادة فى ملف إعادة هيكلة وتطهير وزارة الداخلية، يؤسس القرار لأدوار داخلية ومريبة لأجهزة دورها الحقيقي فى حماية مصر من الخارج. وحذرت المنظمات الموقعة من أن آلاف المدنيين قد يكونون عرضة للملاحقة والإحالة للقضاء العسكري بموجب هذا القرار المشئوم، خاصة إذا ما وضع في الاعتبار أن صدوره يقترن بحالة من التأزم والاحتقان السياسي الهائل وثيق الصلة بإخفاقات المجلس العسكري في إدارة شئون البلاد. ورأت المنظمات أن القرار هو تقنين بعيد المدى لعملية إحالة المدنيين للقضاء العسكري، وحملت المسئولية في هذا الصدد للبرلمان الذي لعب دورًا هامشيًا في هذا الصدد وانتصر للتعديلات المقدمة من اللواء ممدوح شاهين عضو المجلس الأعلى للقوات المسلحة ولم يلتفت للتعديلات التي تقدمت بها منظمات وقوى مدنية أخرى. وشدد الموقعون على أن الثورة جاءت لكي تضع الجميع تحت سيادة القانون، وتبطل الصلاحيات "اللامعقولة" التي تمتع بها ضباط الجيش والشرطة، فإذا بهذا القرار يعود بمصر لعصر قد يكون أسوأ من عصر مبارك الذي ثار عليه المصريون. كما طالب الموقعون على هذا البيان أن ينهض مجلس الشعب وأعضاؤه بمسئولياتهم وأن يتقدموا بطلبات إحاطة واستجوابات لوزير العدل لمعرفة أسباب صدور هذا القرار. جدير بالذكر أن المنظمات الموقعة للبيان هي: الشبكة العربية لمعلومات حقوق الإنسان، ومركز النديم لتأهيل ضحايا العنف والتعذيب، والمركز المصري للحقوق الاقتصادية والاجتماعية، ومؤسسة حرية الفكر والتعبير، ومركز هشام مبارك للقانون، ومركز القاهرة لدراسات حقوق الإنسان، والمبادرة المصرية للحقوق الشخصية، مؤسسة قضايا المرأة المصرية، نظرة للدراسات النسوية، جمعية حقوق الإنسان لمساعدة السجناء. بالإضافة إلي الجمعية المصرية للنهوض بالمشاركة المجتمعية، مؤسسة الكرامة لحقوق الإنسان، ومؤسسة المرأة الجديدة، المنظمة العربية للإصلاح الجنائية، المنظمة المصرية لحقوق الإنسان.