أوصت لجنة القوات المسلحة والهيئات الاستشارية والقضائية المنبثقة عن مؤتمر الوفاق القومى فى ختام أعمالها -الخميس- بمقر مجلس الشعب بتشكيل لجنة من المؤتمر يمثل فيها المجلس الأعلى للقوات المسلحة والحكومة لإعادة هيكلة وتطوير هيئة الشرطة وجهاز الأمن الوطنى مع الوضع فى الاعتبار نماذج الدول الرائدة فى هذا المجال لتحقيق أمال الوطن وتطلعات المواطنين. وطالبت اللجنة - فى توصياتها التى رفعتها إلى المشير حسين طنطاوى القائد العام رئيس المجلس الأعلى للقوات المسلحة ورئيس الوزراء الدكتور عصام شرف - بإنشاء مجالس قومية فاعلة منها المجلس القومى للامن تكون تبعيته لرئاسة مجلس الوزراء يختص بكافة نواحى الأمن القومى مثل الأمن والشئون الداخلية والأمن الغذائى والأمن المائى والأمن الاجتماعى والأمن الاقتصادى, وكذلك المجلس القومى للتنمية الاستراتيجية وتكون مهمته إنشاء وحماية المشروعات القومية وعودة الصناعات والحاصلات الاستراتيجية ووضع حلول قومية للمشكلات الوطنية للاجيال القادمة والقضاء على الأمية وتحقيق العدالة الاجتماعية وحقوق الإنسان وكرامة المصريين بالداخل والخارج وإحداث ثورة علمية شاملة. وطالبت لجنة القوات المسلحة بمؤتمر الوفاق القومى بأن يتضمن الدستور نصا يؤكد العلاقة الوثيقة بين الأمن وحقوق الإنسان والمواثيق الدولية حتى لايتم تجاهلها مستقبلا مثل: الحق فى الحياة كأحد الحقوق الطبيعية لكل إنسان بوضع ضمانة التزام الدولة بمنع حدوث الاعتداء عليه من جانب الأفراد والهيئات والجماعات وحق كل فرد فى الحرية والسلامة الشخصية فلا يجوز القبض عليه أو توقيفه تعسفيا مع تقديم المقبوض عليه فورا لقاضيه الطبيعى. كما طالبت بتحريم التعذيب والمعاملة القاسية وغير الإنسانية, وكذا الإكراه أو التهديد وعدم جواز التدخل بصورة تعسفية أو بشكل غير قانونى بخصوصيات المواطن أو عائلته أو بيته أو أعماله أو مراسلاته وحماية الحريات مع الالتزام بما يجيزه القانون. وأكدت اللجنة ضرورة إلغاء المحاكم الاستثنائية والخاصة بكل صورها والتى منها المحاكم العسكرية للمدنيين, وكذلك قانون الطوارئ وإدخال إصلاحات دستورية وقانونية على القضاء العسكرى مع منح الحقوق والضمانات القضائية للعسكريين أمام المحاكم العسكرية وتنقيح القوانين القائمة التى سمحت لقوات الأمن بالتجاوز مثل قانون هيئة الشرطة وقانون العقوبات والاجراءات الجنائية وإلغاء قانونى التجمهر ومنع التظاهر والنص صراحة فى الدستور على منع التعذيب والترويع بأنواعه مع تغليظ العقوبة والعزل من الوظيفة فى حال ثبوتها على الفاعل. وأكدت ضرورة انتخاب رئيس الجمهورية ونائبيه من خلال الانتخاب الحر المباشر ويكون الأعلى تصويتا الرئيس ومن يليه النائب الأول ثم الثانى, وكذلك إلغاء جميع رسوم التوكيلات فى إنشاء الأحزاب مع فرض رقابة على ما يتم صرفه من دعاية للمرشحين لرئاسة الجمهورية وأن تتم الدعاية بواسطة وسائل الإعلام الوطنية بعدالة بين الجميع سواء فى الانتخابات البرلمانية أو الرئاسية مع تجريم الدعم المالى مجهول المصدر أو التحويلات الخارجية سواء من أشخاص أو جهات وعلى الجهات الرقابية تحقيق ذلك. ودعت اللجنة إلى حل المجالس المحلية وأن يراعى فى اختيار الاعضاء بالانتخاب مع نشر ميزانياتها وحساباتها وتقييم الأداء وخطط عملها مع الالتزام بعلنية الجلسات.
