صرح الدكتور ياسر علي، المتحدث المؤقت باسم رئاسة الجمهورية، بأن ما يتردد حول وجود "هيئة الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر" أمر غير صحيح، وأن ما حدث وقائع فردية وأمر الرئيس محمد مرسي بالتحقيق فيها خلال لقائه مع مديري الأمن ووزير الداخلية أمس الأول. وقال علي إن مرسي يتابع ملف المعقلين باهتمام شديد نافيا أن تكون هناك معوقات من جانب بعض أجهزة الدولة في سبيل تنفيذ الرئيس لبرنامجه، مشيرا إلى أن مرسي جاء بإرادة شعبية وأن أجهزة الدولة المختلفة تعمل معه بموجب التفويض الشعبي الذي حصل عليه بالانتخابات، وقال إن اللجنة التي أمر الرئيس بتشكيلها تبحث أوضاع المعتقلين القانونية.
ونفى علي، ما رددته بعض المواقع الإلكترونية والحركات السياسية حول تولي الدكتور محمد البرادعي لمنصب رئيس الوزراء ورفض التعليق على إحالة ضابط الشرطة الملتحي إلى المحكمة التأديبية، مشيرا إلى أن 8 من الضباط الملتحين قدموا شكوى للرئاسة وأنه يجري بحثها في الإطار القانوني لها.