أكدت لجنة تقصي الحقائق في أحداث ما بعد 30 يونيو، في رصدها لملف معاملة المحبوسين والسجناء، أنه لا توجد حالة اعتقال إداري واحدة، وأن جميع النزلاء صدرت بشأنهم أوامر حبس وأحكام من السلطة القضائية. وأشارت إلى عدم وجود تعذيب بالسجون، وأن بعض المتهمين تعرضوا للتعدي أثناء القبض عليهم، وفي الأقسام وأثناء الترحيل إلى السجن فقط. وفيما يتعلق بحالات الإضراب عن الطعام داخل السجون، قالت اللجنة: حالة المضربين عن الطعام مُستقرة ووظائف الجسم الحيوية في حدود معدلاتها الطبيعية حسب التقارير الطبية من أطباء السجون أو المستشفى الجامعي. ودعا نائب رئيس لجنة تقصي حقائق 30 يونيو، على أن يكون دوره تنبيه أجهزة الدولة إلى الأعراض الجانبية لمكافحة الإرهاب، ويقترح الإجراءات المناسبة لتلافي تلك الأعراض، وأن يتبع الأمانة العامة لمجلس الدفاع الوطني أو أمانة مجلس الوزراء أو مجلس الأمن القومي.