وهو القرار الذي أثار الجدل واتهمه البعض بخضوعه للفكر العلماني الذي يرفضه الإسلام ولا يقبله المسلمون، في الوقت الذي تخوف فيه البعض من إلغاء مادة التربية الدينية التي يتم من خلالها تعليم مبادئ الشريعة الاسلامية.. بينما رآي أخرون أنه لامانع من تدريس المادة ولكن بجوار مادة التربية الدينية. د. أحمد عبدالرحمن أستاذ علم الأخلاق والفلسفة بجامعة الأزهر يرفض تدريس مادة الأخلاق علي طريقة الفكر العلماني لكونها لا تستشهد بالقرآن الكريم وسنة نبينا الكريم -صلي الله عليه وسلم- داخل موضوعاتها، وقال إنها لا تصلح للمسلمين. وأضاف: إذا كان هناك البعض من المعلمين الذين فقدوا هيبتهم نظرا لتصرفاتهم المسيئة فهم قلة بجانب المئات من المدرسين الذين يتمتعون بالسمعة الحسنة. وأشار إلي أن تدريس مادة الأخلاق وإدخالها إلي المدارس هو البداية لإلغاء مادة التربية الإسلامية وهذه علمانية مرفوضة رفضا تاما، ويتساءل: كيف نلغي الجزء الخاص بالعبادات كأركان الإسلام وغيرها؟ ومن أين سيتعلم أبناؤنا ذلك؟! ويختلف معه د. مصطفي سالم أستاذ تطوير المناهج وطرق التدريس بجامعة عين شمس ويقول: لا يوجد ما يمنع من عودة مادة الأخلاق وتدريسها لكن بشرط أن تدرس مع كتب التربية الدينية الإسلامية والمسيحية.. لأنه من المعروف أن كتب التربية الدينية الإسلامية أعمق وأشمل من هذه المادة فهي تشتمل العقيدة والشريعة والأخلاق معا مع التأكيد علي ألا تكون هذه المادة بديلا عن التربية الدينية. وتوضح د. ليلي عبد الوهاب أستاذ علم الاجتماع جامعة بنها أنه قبل الاستعانة بمواد تدريس القيم الأخلاقية علينا توفير مدرسين ملتزمين أخلاقيا. وإلا ستكون عبارة عن مواد نظرية يتم تدريسها علي الورق فقط.. فنحن لدينا مواد التربية الدينية ومع هذا لم تمنع الانحرافات الموجودة والسائدة بين الطلبة والمدرسين. فالفكرة ليست مواد نظرية تتم إضافتها إلي المواد الدراسية بقدر ترجمتها كسلوك وأفعال وأن يكون المدرس قدوة لتلاميذه. في حين يشير د. خالد نصار - أستاذ الشريعة الإسلامية جامعة الأزهر إلي أن مادة الأخلاق لا يمكن أن تفي بالغرض، ويضيف: رغم أنها جزء مهم من التربية الدينية لكنها ليست كلها فالعبادات مثلا لا يمكن تضمينها بمادة أخلاق عامة لأن لها أحكاماً خاصة.. ويؤكد أن غياب التربية الدينية في المدارس يؤدي للتفرقة بين أبناء الوطن، ويذكر أن الاختلاف الديني هو حقيقة قائمة في واقعنا وإذا لم ترب الأطفال عليها فلن يعرفوها بطريقة صحيحة.. مما قد يؤدي للتطرف الديني ورفض الآخر المختلف، فوجود التربية الدينية في المدارس من شأنه منع التسرب الفكري لأماكن أخري قد تزرع التطرف الديني والطائفي عند الأطفال دون رقابة مما قد يجعلهم بعيدين عن الفكر الوسطي. بينما تري د. ماجدة مصطفي السيد عميدة كلية التربية جامعة حلوان أن مادة الأخلاق تتم كتابتها وفقا لقيم المواطنة ويتم تدريسها في كثير من دول العالم وليست وليدة أو مبتكرة فهي تستمد مبادئها من الأديان السماوية وتعطي رسالة واضحة للتلاميذ بأن هناك قيما إنسانية وأخلاقية ينبغي الحفاظ عليها.. ولن تكون بديلة لأي مادة سواء التربية الدينية أو غيرها فهي تنقل للطالب ما ينبغي أن يكون عليه وما يجب أن يسلكه من سلوكيات في إطار قواعد عامة للحياة تجعله يحل مشكلاته وفقا لمنهج علمي عقلاني ووفقا لقواعد عامة فهي تتحدث عن المصري بصفته مواطنا بغض النظر عن الدين أو الجنس.