رافضًا أيضًا ما رددته وسائل الإعلام حول أن د.محمد حبيب النائب الأول للمرشد السابق "طفش" احتجاجًا علي الانتخابات الداخلية للجماعة التي اعتبرها مخالفة للوائح وقواعد الجماعة. وقال مرسي: د. عبد المنعم أبو الفتوح شخصية معروفة علي مستوي جماعة الإخوان وفي مصر، وليس معني خروج أي عضو من مكتب الإرشاد أنه أصبح خارج الجماعة فهذا كلام غير صحيح، موضحًا أن الانتخابات التي أفضت إلي استبعاده صحيحة وهذا هو ما قاله أبو الفتوح نفسه حينما تم استبعاده وقد تقبل الأمر ولم يقابله بأية غضاضة أو كراهية. ولدي سؤاله عما إذا كان د.محمد حبيب "طفش" من جماعة "الإخوان المسلمين" عقب الانتخابات الأخيرة؟ رد مرسي بالنفي، وقال: بالتأكيد لم "يطفش" كما تقول أو كما تدعي بعض وسائل الإعلام، الأمر كله أنه أعلن للإعلام استقالته من مجلس الشوري ولم "يطفش"، فهو رجل صاحب خبرة ونكن له كل احترام وتقدير علي جهوده المبذولة لصالح الإخوان. وردًا علي ما أثير عن وجود صراعات داخلية، نفي مرسي المحسوب علي "الجناح المحافظ" أن "يكون هناك أي كراهية أو تباغض أو صراعات داخلية بين قيادات الإخوان، وقال: "ليس هناك أي تباغض بيننا وإلا لم يكونوا إخوان مسلمين"، مشيرًا إلي أن الإخوان جماعة مؤسسية وليس تغيير المرشد أو أحد أعضاء مكتب الإرشاد تغيرا في سياستها أو طبيعتها كمؤسسة تقوم علي ضوابط عمل متكاملة. لكن استقالة حبيب واستبعاد أبو الفتوح لها ما يبررها من وجهة نظر الدكتور عمار علي حسن الباحث في شئون الحركات الإسلامية، وهو أن "الإخوان" تنظيم اجتماعي سياسي ولأنهم يتعرضون بشكل كبير لضربات أمنية متلاحقة أدي ذلك إلي إحساس بعض قيادات الإخوان بعدم الأمان ورغبتهم في الحفاظ علي الجماعة من التفكك، لأنهم يشعرون بأن هناك أكثر من جهة تحاول القضاء عليهم تمامًا وتفكيهم. وقال إن الضغوط علي الجماعة لا تقتصر علي النظام ولكن للأحزاب دورا فيها، مدللا علي ذلك بعقد اجتماع لأحزاب المعارضة بناء علي دعوة من حزبي "التجمع" و"الوفد" لوضع رؤية حول انتخابات الرئاسة القادمة دون أن يتم توجيه إلي قيادات الإخوان بصفتهم التنظيمية بل كأفراد، مما جعلهم يشعرون أنهم مرفوضون من النظام والأحزاب. وأعرب عن اعتقاده بأن لهذا شعروا بأنهم بحاجة للاندماج والحفاظ علي كيانهم، وأيضًا الإطاحة بحبيب وأبو الفتوح من مكتب الإرشاد لأنهم يفكرون في اتجاه آخر وهو دمج الجماعة في المجتمع، فتخوفوا من تعويم الجماعة وتشتتها وتفككها. بيد أن القيادي الإخواني خالفه الرأي ووصف نظرته إزاء التطورات الأخيرة داخل الجماعة بأنها "كلام سطحي ومغلوط وليس صحيحا"، وإن أيده فقط فيما ذهب إليه من أن هدف الجماعة هو الحفاظ علي تماسكها ووحدتها لكنه ليس هدفها الوحيد، مؤكدا أن هناك هدفًا أسمي قاله حسن البنا مؤسس الجماعة: نحن ندعو الناس للإسلام والحرية فريضة ونريد مصر بلدًا بها ديمقراطية حقيقية، ونحن جماعة "الإخوان" نمارس الإسلام ولا نتحدث فقط، فنحن مع الديمقراطية والحرية وأن الأمة مصدر السلطة. وكشف مرسي أن الجماعة لن تشارك في الانتخابات الرئاسية المقررة عام 2011، مؤكدًا فيما يبدو أنها رسالة إلي النظام بأن الجماعة لا تنافسه علي السلطة أو تسعي إليها كهدف، مضيفا: لن نشارك في انتخابات الرئاسة، فنحن نريد أن نُحكَم الأمة بالإسلام وليس أن نَحكُم، وليس لنا أطماع في الحكم، لكنه أكد أنها ستخوض انتخابات مجلسي الشعب والشوري المقررة في وقت لاحق هذا العام.