تساؤلات عديدة فرضها الدور السياسي والإعلامي الذي يقوم به د.محمد بديع المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين، والتي كانت واضحة في المؤتمر الصحفي، لإعلان قرار ترشيح خيرت الشاطر لرئاسة مصر، من هذه التساؤلات هل وصول الشاطر إلى الحكم يعني تكرار المرشد العام النموذج الإيراني في إدارة أمور البلاد، بحيث يكون المرشد العام هو الدور الذي يقوم به علي خامئني في إيران ويكون هو الفقيه المصري الجديد؟ للإجابة عن تلك التساؤلات كان هذا التحقيق. يقول أحمد السعيد رئيس حزب "المصريون الأحرار" إن الجماعة الآن تتحرك بمعرفة المرشد العام محمد بديع، حيث إنه أصبح المتحكم الأول في القرارات وكان صاحب قرار ترشيح الشاطر، مما يؤكد تكرار تجربة إيران في الحكم، حيث سيكون الشاطر هو المتصدر في الواجهة في حين يدير هو البلاد من وراء الستار وأحيانًا كثيرة سيكون في الواجهة، فالمرشد العام أصبح في يده أوراق كثيرة لإدارة البلاد منها البرلمان والنقابات وقريبًا الحكومة ولم يبق له إلا الرئاسة والدور والصلاحيات التي يتمتع بها علي خامنئي في إيران، الأمر الآخر أن المتابع للنظام الإيراني يجد أن هناك تشابهًا بين إسلاميي إيران والإخوان في مصر فكلاهما لديهما خبرة ثورية وخبرة في ممارسة العمل السياسي بشكل يجمع بين الديني والسياسي بحيث يطوعون الأول في خدمة الثاني، وهم يحاولون اكتساب شرعية مستمرة من خلال نظرية "العدو الخارجي". كما قال محمد الأشقر مؤسس حركة كفاية أن النظام الإيراني يجعل من الرئيس الرجل الثاني بعد الولي الفقيه الذي يمتلك صلاحيات تفوق تلك التي يمتلكها أي ديكتاتور في العالم، وهو نفس الأمر المنتظر تطبيقه في مصر بعد وصول الشاطر حيث سيكون المرشد العام محمد بديع هو الولي الفقيه المصري، وقد بدا إعلان ذلك بدليل أنه كان يتحدث في المؤتمر الصحفي لإعلان ترشيح الشاطر كأنه هو المرشح وضامن وصوله إلى السلطة، مشيرًا إلى أن المتابعة لسير الأمور داخل الإخوان المسلمين يرى أن مكتب الإرشاد بالمقطم هو الذي يقود التحرك السياسي خلال أيام السابقة بدءًا من اختيار الجمعية التأسيسية للدستور والتي أعدت القائمة في مكتب الإرشاد كذلك قرار سحب الثقة من الحكومة وتصريح محمد بديع بأن الحكومة الحالية هي المتسببة في أزمات الشارع، كما نلاحظ أن المرشد هو الذي يتصدر المشهد السياسي وليس محمد مرسي رئيس الحزب، كل ذلك مؤشرات أن بديع هو الولي الفقيه الجديد لمصر في حالة وصول الشاطر إلى الحكم هي لن يستطيع اتخاذ قرار دون الرجوع إلى المرشد العام، وختم أي قرار قبل اتخاذه. كما أكد د.محمد منصور أستاذ العلوم السياسية بجامعة القاهرة أن النظام الإيراني هو هدف الإخوان لتطبيقه ولكن بشكل مختلف، حيث إن الجامعة تسعى إلى تقليل سلطات الرئيس بحيث يكون وجهة لهم خارجية، على أن تدار مصر داخليًا عن طريق مكتب الإرشاد والمرشد العام، والذي يعامل الآن على أنه هو الرئيس الفعلي للدولة والإعلام بكاريزما رئيس الجمهورية ففي الوقت الذي كانوا يتمنون الحديث مع محرر صحفي أصبحوا الآن يصفون الإعلام بسحرة فرعون، لأن الصحفيين أصبحوا ينشرون أخبارًا لا تعجب المرشد. وقال إن الدليل على أن د.محمد بديع يتصرف وفقًا للمرشد العام في إيران أن جميع أحاديثه مرتبطة بالدين، لدرجة أنه قال إن خيرت الشاطر له بركات ودعاء مستجاب وهو السبب في التخلص من مبارك، وويل من يزعله أو لا يسانده، نفس اللهجة التي يتحدث بها علي خامئني في إيران عند معالجة الأزمة مع أمريكا وقال د.محمد منصور: إن الدليل الآخر على تصرف محمد بديع على أنه رئيس الجمهورية من الآن تهديداته للمشير طنطاوي في أثناء اللقاء الذي جمعهما مؤخرًا رغم نفيهم ذلك إلا أنهم دائمًا يكذبون ما لا يصب في صالحهم، مؤكدًا أن تولي الشاطر الحكم يعني قيام المرشد العام بتعيين السياسات العامة للنظام والدولة، وسوف يملك أن ينصب ويعزل رؤساء المؤسسات والمجالس الرئيسية في الدولة، وهو الذي يعين رئيس السلطة القضائية، والحكومة، ورئيس أركان القيادة بالجيش.