اثار قرار الرئيس محمد مرسى بالعفو الشامل عن جميع المعتقلين منذ ثورة 25 يناير حتى 30 يونيو2012، فيما عدا المتهمين بالقتل العمد والمخالفين للتعليمات العسكرية، ردود فعل متباينة بين الحقوقيين والثوار، فرحب بعضهم بالقرار، واعتبروه دليل على التزام الرئيس بتنفيذ وعودة، واعترض اخرون واصفين القرار بعدم الوضوح، محذرين من إمكانية وجود بعض الاستثناءات فى قضية أحداث مجلس الوزراء. ورحب المحامى محمد زارع، عضو المجلس القومى لحقوق الإنسان ورئيس مكتب الشكاوى، بقرار رئيس الجمهورية بالعفو، ووصفه بأنه دليل على التزام مرسى، بوعودة بالإفراج عن المتهمين على خلفية أحداث الثورة، موضحا أن الإفراج يتم عبر ما يعرف ب"فلتر الأمن العام"، حيث إن الأمر يتطلب ضرورة مراجعة الأسماء المرشحة بالإفراج عنها، لأن هناك أشخاصًا لديهم خطورة، مضيفًا إلى وجود معيارين هامين بالنسبة للإفراج الأول ألا يكون مسجونًا فى قضية جريمة من جرائم النفس وهى الخاصة بالقتل العمد أما المعيار الثانى فهو ألا يكون من معتادى الإجرام وهو المعروف بكلمة "مسجل خطر". و طالب يوسف عبد الخالق رئيس شبكة المدافعين عن حقوق الانسان بالعفو عن كل من صدرت ضدهم أحكام عسكرية في أحداث الثورة، وعددهم يتجاوز 2000 معتقل شاركوا فى المظاهرات والاحتجاجات، مؤكدا ان الشباب من الثوار والمواطنين واسر الشهداء وذوى المعتقليين ، لم ينتظروا قرارًا منذ قيام الثورة بقدر انتظارهم لقرار العفو عن جميع المعتقلين مدنيًا وعسكريًا بسبب مناصرتهم للثورة. وعبرت المحامية الحقوقية مها مأمون إحدى مؤسسى مجموعة " لا للمحاكمات العسكرية للمدنيين" عن قلقها بشأن قرار العفو الشامل الذى يحمل سمة " عدم الوضوح" بحسب وصفها، مشيرة إلى أن القرار نفسه أشترط العفو عن كون الجرائم المرتكبة متعلقة ب" تحقيق أهداف الثورة"، مايفتح المجال أمام بعض الاستثناءات فى قضية مثل أحداث مجلس الوزراء، فهناك 5 متهمون يحاكمون بتهمة " حرق المجمع العلمى " الأمر الذى قد يوصف أنه بعيدًا عن أحداث الثورة، الأمر ذاته سيتكرر فى قضية المعتقل " خالد مقداد" الذى قبض عليه من أمام السفارة السعودية فى مظاهرات ضد اعتقال المحامى أحمد الجيزاوى فى مايو الماضى، الأمر الذى يعنى أنه قد يكون خارج الحسابات. وفجر الناشط أحمد دومة مفاجأة برفضه " العفو الرئاسى " كونه متهمًا على ذمة أحداث مجلس الوزراء، قائلا" لست قاتلاً أو سارقًا كى يصدر عنى الرئيس عفو رفقًا بحالتى" بحسب تعليقه مطالباً بتعويض معنوى على الأضرار التى عاناها طوال الفترة السابقة من تشويه إعلامى بوصفه "بلطجى وخارج عن القانون"، معلناً عن نيته فى تحريك دعوة قضائية ضد الرئيس لالزامه بإصدار قرار "البراءة" لصالحه. من جانبه قال المستشار محمود فوزي، مقرر اللجنة الرئاسية لحماية الحرية الشخصية، إن الرئيس مرسى توج أعمال لجنة حماية الحرية الشخصية المختصة بالعفو الشامل عن المحكوم عليهم من القضاء العسكري بناء على تقرير اللجنة. وأشار فوزى إلى أن القرار الجمهوري تضمن العفو عن المحكوم عليهم أو المتهمين الذين مازالوا قضاياهم في طور التحقيق او امام المحاكم بأنواعها. وقال المستشار محمد فؤاد جاد الله المستشار القانونى لرئيس الجمهورية ل " الوطن"، إن القرار الرئاسى جاء للتأكيد على وعود الرئيس مرسى بالإفراج عن كافة المعتقلين على ذمة أحداث الثورة موضحاً أن القرار يمنح من يجد أسمه خارج القائمة التى سيصدرها النائب العام حول المعتقلين على ذمة محاكمات أحداث الثورة من مستحقى " العفو" بالتظلم أمام لجنة ثلاثية من أعضاء محاكم " الاستئناف والنقض والتظلمات العسكرية" موضحًا أن قانون العفو الشامل هدفه الأساسى أن يشعر المعتقلون بوصول الثورة إليهم، بحسب وصفه.