قال حافظ أبو سعدة رئيس المنظمة المصرية لحقوق الإنسان أن هناك العديد من التجاوزات التى شابت الاستفتاء على التعديلات الدستورية مما دعى التحالف المصرى لمراقبة الانتخابات الى إصدار تقريرا حول هذه التجاوزات. وحصر ابو سعدة هذه التجاوزات فى ان عملية التصويت لم تحقق الهدف من عملها وهو التعبير عن السؤال الحقيقى للاستفتاء وإنما تم التصويت على اعتبار أن التعديل سيجرى على المادة الثانية من الدستور والتى لم تذكر ضمن التعديلات المقترحة مرجعا ذلك للحملة الإعلامية المكثفة للموافقة على التعديلات الدستورية. وعلى الرغم من الإشراف القضائى النزيه على العملية الانتخابية إلا أنها عكست خللا فى الأعمال اللوجستية للقوات المسلحة ، مشيرا لاشراف قاضى واحد على 25 لجنة مما يبرز سوء التخطيط والإدارة لعملية الاستفتاء وذلك ما أكده عمليات نقل القضاة بالطائرات العسكرية للمنيا من أجل الإشراف القضائى. وأوضح أبو سعدة أن استخدام الدين للتأثير على إرادة الناخبين تم ملاحظته فى العديد من الأماكن فالترهيب كان من خلال المعادلة التى طرحها العديد من الشيوخ على الناخبين وهى أن التصويت ب"نعم" تعنى الإسلام بينما "لا" تعنى الكفر وذلك إضافة للرشاوى الانتخابية التى شهدتها العديد من اللجان الانتخابية. وأضاف أن هناك تجاوزا منع المراقبين من منظمات المجتمع المدنى من التواجد أثناء عمليات الفرز للأصوات الأمر الذى دعى المنظمات الحقوقية لمطالبة المجلس الأعلى للقوات المسلحة للنظر فى قانون الجمعيات الأهلية الذى ينظم عملها . وأشار لكون هذه العملية الانتخابية قد شهدت أقل نسبة اعتداءات وانتهاكات بين الناخبين إلا أنها شهدت اعتداءا على الدكتور محمد البرادعى المترشح لرئاسة الجمهورية أمام مدرسة الشيماء بالمقطم. ومن ضمن السلبيات التى شابت العملية الانتخابية استخدام الصناديق الورقية لوضع الأصوات بداخلها إضافة لعدم توافر الحبر الفسفورى فى بعض اللجان فضلا عن سهولة إزالته فى لجان أخرى مضيفا أن الاستمارات الغير مختومة أثارت جدلا بين الناخبين فى عدم صحة أصواتهم الأمر الذى برره المجلس العسكرى بضيق الوقت. وشهدت العملية الانتخابية اعتقالا للعديد من الناشطين السياسين والحقوقين كراجية عمران التى تم اعتقالها من أمام إحدى لجان الاستفتاء بمحكمة جنوبالقاهرة أثناء قيامها بأعمال المراقبة. يذكر ان الأنتخابات أجريت فى 43059 لجنة فرعية تحت إشراف 17 ألف قاضى.
