أشار العميد "محمد لبيب" قائد إحدى وحدات الحرس الجمهوري والشاهد في قضية "التخابر مع قطر" الى أفرع قيادة الحرس الجمهوري، مؤكداً أن كل فرع له أرشيفه الخاص به، وأن دورة مستندات مراسلات الأمانة العامة لوزارة الدفاع الواردة لرئاسة الجمهورية ترد على مكتب المستشار العسكري. وأضاف الشاهد أن تلك المكاتبات تُعرض على رئيس الجمهورية بواسطة قائد الحرس، وانه بعد التصديق عليها و الإطلاع تعود مجدداً لمكتب المستشار العسكري ثم تُعاد مرة آخرى للجهة المرسلة، مشيراً الى ان مراسلات هيئة العمليات تٌحفظ في فرع العمليات، وأن مكاتبات إدارة المخابرات الحربية تحفظ في سجل الإستطلاع. يُشار الى ان الشاهد قد أكد انه كان يتولى وقت حكم مرسي منصب رئيس فرع العمليات للحرس الجمهوري منذ شهر نوفمبر 2011 وحتى شهر إبريل 2014.