ألقت كارثة سرقة منبر قايتباي الرماح بظلالها الكئيبة علي وزارة الثقافة والمجلس الأعلي للآثار. فلم يمر إلا شهور قليلة علي سرقة لوحة زهرة الخشخاش لتجد الوزارة نفسها في مأزق جديد وليس أمامها خيار فإما المواجهة والاعتراف بوجود إهمال في حماية التراث وإما دفن الأمر تحت التراب. في الموضوع تحدث العالم الأثري الكبير الدكتور علي حسن وزير الآثار والتراث القومي بحكومة الظل قائلاً: إن سرقة منبر مسجد قايتباي الرماح مأساة كبيرة وكارثة ان يتبرأ المجلس الأعلي للآثار من المسئولية ويلقي بها علي كاهل وزارة الأوقاف. وواصل وزير الآثار والتراث كلامه مشيرًا إلي أن البيان الذي جاء علي لسان وزير الأوقاف والذي أوضح خلاله أن المجلس الأعلي للآثار تسلم المسجد منذ عام 1993 وقام بغلقه بحجة الترميم هو المسئول عن سرقة المنبر، أمر يكشف اهمال المجلس الأعلي للآثار وتقصيره في حماية تراث مصر. وأوضح الدكتور علي حسن انه يجب الاعتراف بأن المنبر كان في مخازن مسجد السلطان حسن وأن الأوقاف بريئة من السرقة. ونفي جمال مصطفي مدير الآثار الاسلامية الاتهام بالتقصير، وقال إن المنبر لم يخرج من المسجد ولم يدخل مسجد السلطان حسن لأنه لا توجد مخازن هناك.. والمخازن الوحيدة موجودة في منطقة الفسطاط. وأكد جمال مصطفي ان ارتفاع المنبر يصل إلي 6 مترات وفك المنبر يتطلب قرارًا من اللجنة الدائمة واخطار الشرطة والأوقاف.. ورفض مصطفي تعبير مسروق، وأصر علي كلمة مفقود، وأوضح أن المجلس مغلق بالفعل منذ عام 1993 لكن مسئولية الحراسة مشتركة وأن المسجد مدرج في خطة ترميم القاهرة التاريخية التي تشتمل علي أربع مراحل. وقال مدير الآثار الاسلامية إن هناك ألفًا ومائة أثر اسلامي في القاهرة التاريخية وأن المجلس الأعلي للآثار لا يشرف بشكل مطلق إلا علي 10٪ فقط، والباقي ملك وزارة الدفاع والأوقاف ويخضع للملكية الخاصة التي تحتاج إجراءات نزع ملكية. وأشار إلي أن مهمة الآثار هي التفتيش علي الأثر ومتابعة أعمال الصيانة والترميم. ومن ناحية أخري أكدت مصادر بوزارة الأوقاف أن الأعلي للآثار اعتاد إلقاء التهم وغسل يده من كوارث الإهمال. وقالت المصادر إن هناك وقائع كثيرة تشير إلي قيام رجال الأوقاف بدورهم علي أكمل وجه مثل إمام مسجد السلحدار الذي أجبر المطربة أنغام علي عدم التسجيل في المسجد وإمام مسجد السلطان حسن الذي طرد الشيخ جمال قطب والمدعوين عندما فكروا في عقد القران في داخل المسجد. وأكدت المصادر أن ما تردد حول اتجاه الأعلي للآثار تحت رئاسة الدكتور زاهي حواس إلي منع الصلاة في المساجد الأثرية كلام فارغ ومستحيل.