اتبع مبارك في بدايات حكمه سياسة المصالحة والمهادنة مع جميع القوى السياسية حتى جماعة الإخوان المسلمين, الأمر الذي أثار تفاؤل الإسلاميين خاصة بعد أن التزم مبارك بالإفراج عن من تم اعتقالهم في أحداث سبتمبر الشهيرة قبل مقتل الرئيس محمد أنور السادات. ولكن هذا التفاؤل لم يدم طويلاً, فقد أعاد مبارك فتح المعتقلات من جديد, وأطلق علي جماعة الإخوان "المحظورة". شهدت علاقة مبارك مع الإخوان المسلمين منحنيات كثيرة طوال الثلاثين عاماً من حكمه , بدأت بتعامله معهم بسياسة " الأمر الواقع" , ولتنتهي بمحاولاته المستمرة لتحجيم دورهم وتقليص نشاطهم الخدمى والدعوى. بدأ نظام مبارك في حملة اعتقالات موسعة لجماعة الإخوان المسلمين في الفترة التى تلت محاولة اغتياله بأديس أبابا , ففي عام 1995 تعرضت جماعة الإخوان المسلمين إلى أول ثلاث محاكمات عسكرية في عهد مبارك، تلى ذلك اعتقال 49 عضوا من الجماعة في يناير 1996بتهمة محاولة إحياء جماعة محظورة، وحكم بالسجن على 34 من المحالين بمدد تتراوح بين 3 و5 سنوات بينهم القيادي بالجماعة عصام العريان. عام1996 اعتقلت الحكومة المصرية 13 عضوا بالجماعة في رابع قضية، كان ضمنهم المرشد السابق محمد مهدي عاكف والمهندس أبو العلا ماضي رئيس حزب الوسط ، وأحيلوا إلى المحاكمة العسكرية، وصدرت فيها أحكام بحق 8 ممن أحيلوا، وتراوحت المدة بين 3 و5 سنوات، وأطلق الخمسة الباقون. عام 1999 كانت المحاكمة الخامسة وشملت الاعتقالات 20 من الناشطين النقابيين من الجماعة، وحكم على 15 منهم عام 2000، لفترات تتراوح بين 3 و5 سنوات، وأفرج عن الباقين.. وتوالت حملات الاعتقالات حتى وصلت لأساتذة الجامعات المنتمين للإخوان المسلمين , ففي عام 2001 أعتقل 22 من الأساتذة الجامعيين من الإخوان في سادس قضية تخص الجماعة في عهد مبارك الذي أطاحت به ثورة 25 يناير 2011. في 2008 اعتقلت السلطات 40 من أعضاء الجماعة في المحاكمة العسكرية السابعة، بينهم النائب الثاني لمرشد الإخوان خيرت الشاطر، وذلك على خلفية استعراض رياضي نظمه مجموعة من طلبة جامعة الأزهر من أبناء التنظيم بالملابس العسكرية. وعلي الرغم من تلك الحملات ضد جماعة الإخوان المسلمين في عهد مبارك, إلا أن الجماعة نشطت سياسياً وشعبياً فسميت ( بالجماعة المحظورة ) لكن هذا الحظر لم يكن صارماً ولم يمنعهم من محاولات الوصول إلى مواقع السلطة عبر الانتخابات البرلمانية , فيذكر أن الإخوان المسلمين خاضوا الانتخابات البرلمانية في مصر عام 2005، وقاموا بالحصول علي 88 مقعدا بالبرلمان رغم اتهامهم الموجه للحكومة "بأن الانتخابات شهدت تزوير".. انقلبت موازين السلطة والجماعة بعد دعوات التى أطلقها نشطاء الفيس بوك ضد فساد نظام مبارك, لتخرج قيادات الجماعة ,مؤكدة وفقاً لتصريحاتها الصحفية يوم 23يناير 2011 أنها لن تشارك في دعوات النزول للشارع والتظاهر ضد إدارة الرئيس ، إلا أنهم شاركوا بعد ذلك بعد انسحاب الشرطة في مساء 28 يناير ,لتنطلق ثورة شعب أتت بهم بعد عامين إلى مقعد السلطة ليبدأ مسلسل جديد .
