مرت وزارة الأوقاف بأزمات عديدة في ظل حكومة الإخوان وذلك بعد هيمنة التيارات الإسلامية علي الوزارة بدءًا من تعيين الدكتور طلعت عفيفي وزير الأوقاف المحسوب علي التيار السلفي مرورا بتوزيع المناصب القيادية بالوزارة علي أشخاص ينتمون لجماعة الإخوان المسلمين والسلفيين والجماعة الإسلامية من وكلاء وزارة ومستشارين للوزير وصولا لإنتهاك منابر المساجد واستخدامها في الصراعات السياسية فضلاً عن السعي للقضاء علي الدعوة الوسطية واستبدالها بالتطرف والتشدد والسعي إلى السيطرة علي مؤسسة الأزهر التي تتميز بالوسطية والاعتدال والآن في ظل الدستور الجديد حذر الأئمة من الاتجاه إلي تأميم هيئة الأوقاف وذلك بموجب المادة 212 والتي تنص علي إنشاء هيئة مستقلة للأوقاف تكون معنية بشئون الوقف الخيري ويتم تعيين رئيس الهيئة من قبل رئيس الجمهورية. هذا ما أكده عبد الغني هندي منسق حركة استقلال الأزهر. وأضاف ان تلك المادة التي لم يلتفت لها أحد حتي الوزير تعني أن الهيئة أصبحت تابعة للدولة كما كانت أيام الرئيس عبد الناصر وليس لها علاقة بوزارة الأوقاف أو الأزهر موضحًا أن الدولة ستضع يدها علي أموال الأوقاف الخاصة وتستولي عليها وأوضح أن وزير الأوقاف لم يلق بالا إلي هذه المادة الكارثية ولم يظهر اعتراضًا عليها حتي ولو ببيان يستنكر ضياع أموال الأوقاف ووضع يد الدولة عليها والذي من المفترض أن تنفق علي الدعوة والمساجد. وأضاف ان الوزارة في ظل سيطرة الإخوان عليها فشلت في وجود رؤية واضحة في النهوض بالدعوة ولا الاهتمام بالدعاة ماديًا وتثقيفيًا ودعويًا موضحًا أن سياسة وزارة الأوقاف في عهد الدكتور عفيفي اقتصرت علي اختيار القيادات من الإخوان فضلاً عن الاتجاه لتسييس المنابر. وأشار إلي أن الوزارة لم تكن أمينة علي المساجد التابعة لها حيث أنها عملت علي تسليم المساجد إلي الجمعية الشرعية وخطباء الدعوة السلفية وأصبحت المنابر تحت الانتهاك السياسي ولم تحترم قدسيتها موضحًا أن الخطاب السياسي يعمل علي تمزيق الأمة والصراع علي المناصب موضحًا ان من المفترض يتم الحفاظ علي المنهج الدعوي منهج الأزهر الوسطي الذي يجمع ولا يفرق.. وأضاف أن الهرم في الدعوة الإسلامية يعتمد في المقام الأول علي ما يتعلق بصحيح الدين والدعوة ثم التربية والأخلاق من الناحية الشرعية والأخلاقية ثم الأمر الذي يتعلق بالناس في المرتبة الثالثة وأوضح ان فشل جماعة الإخوان في إدارة وزارة الأوقاف دليل واضح علي فشلهم الذريع في إدارة الدولة. الشيخ محمد البسطويسي رئيس نقابة الأئمة المستقلة اكد ان الأوقاف بها عناصر إخوانية كثيرة فى مجال الدعوة، حيث إنهم أنشأوا نقابة الدعاة المهنية والتي تتبع الإخوان مشيرًا إلي أن بالرغم من أن تلك النقابة لم تكن شرعية إلا أنه وبكل أسف يهتم بها الوزير علي حساب النقابة الأصلية المشهرة ولفت إلى أن الشعب تربى على الوسطية والاعتدال، محذرًا من تشويه صورة الإسلام عن طريق التيارات الدينية بتصرفاتهم ومواقفهم، وتسييسهم للمنابر. وأضاف أن المرحلة القادمة ستكون انتقامية من الوزارة الإخوانية ووزيرها المحسوب علي التيار السلفي للأئمة المعارضين لها موضحًا أن خير دليل علي ذلك لجوء الوزارة إلي سياسة الاضطهاد والتعنت مع الأئمة المعارضين لسياسة الوزير وكل من تضامن مع شباب التحرير والقضاة ومن قالوا لا للدستور حيث إنه يرسل خمسة مفتشين خلال عشرين يومًا علي كل مسجد يعمل به إمام معارض له وذلك مخالف للقوانين موضحًا أن التفتيش علي المساجد لم يتعد مرة واحدة في الشهر وإن حدثت.. وأشار أن من المفترض أن يتجه الوزير إلي تحسين حال الأئمة بالموافقة علي مشروع الكادر وأن يسعي إلي الاهتمام بالخطاب الديني بتثقيف الأئمة والإنفاق علي الدعوة.
