وضع سياسيون وخبراء عدة خطوط حمراء، لا يجوز للرئيس تجاوزها للحفاظ على مدنية الدولة والأمن القومى المصرى، فى مقدمتها ألا يقصى الأقباط وألا يقلل من حقوقهم الوطنية وفاء لتعهداته السابقة قبل وصوله للرئاسة. كما يجب عليه أن يحافظ على استقلال سيناء وألا يسمح بأن تتحول فى عهده إلى ساحة لتصفية الحسابات بين فتح وحماس، إضافة إلى تعهداته بأن يستكمل أهداف الثورة خاصة فى ظل وجود مخاوف واسعة لدى التيارات الثورية من أن يعقد اتفاقا مع المجلس العسكرى لاقتسام السلطة على حساب أهداف ومبادئ الثورة. ويؤكد الناشط القبطى ممدوح رمزى، أن الأقباط شاركوا فى الثورة، وأن الرئيس مرسى إذا لم يدرك أن لهم مطالب وطنية مشروعة، ولهم حقوق واجبة الاستحقاق، وأنهم عاشوا 60 سنة اضطهاداً مثل الإخوان المسلمين، لذلك لن يتراجعوا عن حقهم فى ممارسة شعائرهم الدينية، وحقهم فى بناء الكنائس ودور العبادة ومن حقهم أن يعملوا فى كل الأماكن التى حرمها عليهم النظام السابق سواء فى الأماكن والوزارات السيادية أو غيرها وان يكون معيار الاختيار على أساس الكفاءة فقط. وأشار رمزى إلى أن الأقباط لا يثقون فى التعهدات التى قدمها حزب الحرية والعدالة سواء فى الانتخابات البرلمانية أو الرئاسية لأن الإخوان جماعة براجماتية تحرص على مصالحها فقط، لذلك فالاختيار رهن التجربة. فى حين يرى الشيخ خالد عرفات القيادى بحزب الكرامة فى سيناء، أن أبناء سيناء لا يخافون من شىء، لكن القضية مع مرسى قد تكون أفضل لأن الإخوان كانوا جزءا من الثورة، ومع هذا فالإخوان المسلمون وحركة حماس سيكونون على المحك خلال الفترة المقبلة لأن الجميع سينتظرون هل ستكون مصلحة الجماعة أهم من مصلحة الوطن أم العكس. وأشار إلى أن الإخوان وحماس ينتمون لتيار سياسى واحد، لذلك الإخوان المسلمون فى اختبار رهيب، مؤكداً أن أعضاء الحركة موجودون فى سيناء وهناك نوع من تصفية الحسابات بين حماس وفتح على أرض سيناء ونتمنى ألا يستمر ذلك فى المستقبل. وأضاف أننا نريد أن يكون الرئيس مرسى رئيسا لكل المصريين وليس رئيسا للإخوان المسلمين فقط وإلا سيثبت فشله من اللحظة الأولى كما عليه أن يعى وجود مطالب وطنية عديدة للأهل فى سيناء عليه أن يحققها. من جانبه أكد السفير ناجى الغطريفى، مساعد وزير الخارجية الأسبق، أن الخطاب الذى ألقاه الرئيس «مرسى» بعد إعلان فوزه بصفة رسمية قد ألقى بتضمينات عديدة للداخل والخارج سواء فيما يتعلق بالأقباط أو الحريات العامة أو المرأة، فخطابه كان مليئا بالأبعاد الاجتماعية وشدد على أنه سيكون رئيسا لكل المصريين وليس لجماعة الإخوان المسلمين. أما فيما يتعلق بالخارج فإن تأكيد الرئيس مرسى أنه سيحافظ على المعاهدات والاتفاقيات الدولية التى أبرمتها مصر فى السابق، معناه أنه لن ينقلب على معاهدة السلام مع إسرائيل وهو ما طمأن إسرائيل والولايات المتحدةالأمريكية. وأوضح الغطريفى أن الرئيس محمد مرسى الآن يعى جيداً أنه لم يعد من جماعة الإخوان المسلمين وانتهت علاقته بهم كما أعلن وسيبدأ فى تنفيذ برنامجه الانتخابى مؤكدا أن مرسى استهل ولايته بالتطمينات ولن يلجأ إلى المزايدات أو ادعاءات القوة على غير أساس كما كان يفعل النظام السابق أو تبنى مواقف ورؤى تفوق قدراتنا والتزاماتنا لأنه لو فعل هذا فسيؤدى ذلك إلى أضرار جسيمة جدا بالأمن القومى المصرى. وأشار الخبير الأمنى محمود قطرى إلى وجود هواجس ومخاوف حقيقية لدى جهاز الأمن من تولى الدكتور مرسى منصب رئيس الجمهورية وبخاصة انه قادم من جماعة الإخوان المسلمين وذلك بسبب الممارسات غير الشرعية لجهاز الأمن مع جماعات الإسلام السياسى والإخوان المسلمين طوال السنوات الماضية وخصوصا فى عصر حبيب العادلى، فهناك تراكمات حدثت فى السنين الأخيرة خلقت حالة من العدائية الشديدة بين رجال الشرطة والإخوان المسلمين. ويضيف أن وزارة الداخلية هى احد اكبر الخطوط الحمراء التى سيصطدم بها الرئيس مرسى، فكيف سيتحمل ضباط الشرطة أن يحكمهم الذين عذبوهم وأهانوهم من قبل من هنا فإن حالة من عدم الرضى بدأت تتشكل داخل وعى ضباط الشرطة بعد إعلان النتيجة ولذلك فالمهمة الملقاة على عاتق مرسى أن يقوم بإصلاح وزارة الداخلية لأنه لا يصح استمرار حالة العدائية الشديدة بين الإخوان والشرطة لان بقاءها دون إصلاح قد يكون فيه خطر كبير على المستقبل ومع استمرار حالة الانفلات الأمنى لان الشرطة لن تستعيد بعد عافيتها. لذا أؤكد والحديث لقطرى أن الرئيس مرسى سيصطدم بالداخلية شاء أو أبى ولابد من إعلاء قيم التطهير داخل هذا الجهاز من خلال تشكيل لجنة وطنية من خبراء الأمن وعلماء النفس والاجتماع لإعادة تأهيل ضباط الشرطة. وأضاف محمد زارع رئيس المنظمة العربية للإصلاح الجنائى أن المصريين الذين اسقطوا نظام مبارك بثورة يناير من الوارد جدا أن يثوروا على نظام الإخوان المسلمين إن لم يحقق أهداف الثورة كما أن الخط الأحمر الذى يجب أن يكون أمام عينيه هو ألا يحاول أن يفرض نموذجاً بعينه على المصريين وإلا سيخسر الشعب المصرى كله لأنه لم ينجح بأصوات الإخوان المسلمين فقط ولكنه نجح بأصوات المصريين جميعاً.