طالبت جماعة الإخوان المسلمين المجلس العسكري الحاكم بتقديم اعتذار واضح وسريع عن أحداث مجلس الوزراء والتي وصفتها الجماعة بالجريمة. ودعت الجماعة في بيان لها بشأن الاشتباكات، التي وقعت بين قوات الجيش ومحتجين مناهضين للحكومة وأسفرت عن مقتل أربعة أشخاص وإصابة نحو 400 آخرين، إلى إجراء تحقيق عادل "من جهة مستقلة وإحالة كل من أمر ونفذ هذه الجرائم إلي المحاكمة الفورية، وإعلان نتيجة التحقيق علي الملأ في وقت محدد، وكذلك نتائج التحقيق فيما سبق من جرائم وأحداث". وشدد البيان على "تعويض أهالي الشهداء وعلاج جميع المصابين على نفقة الدولة وتعويضهم عن إصابتهم". وشددت الجماعة في بيانها على أهمية الاستمرار في إجراء الانتخابات البرلمانية وتأكيد إجراء انتخابات الرئاسة وتسليم السلطة للمدنيين قبل نهاية يونيو 2012. وذكرت جماعة الإخوان المسلمين في بيانها "نلاحظ أنه كلما هدأت الأحوال واتجهت البلاد إلي الانتخابات لتحقيق التحول الديمقراطي نجد من يشعل الفتنة ويثير الاضطراب في رغبة متكررة لمنع الاستقرار، وتعطيل مسيرة الديمقراطية وتسليم السلطة، وتصدر تصريحات مستفزة و مناقضة لكل المبادئ الديمقراطية من بعض لواءات المجلس العسكري، ويرفض المجلس أن يدينها أو يستنكرها". وأكدت "أن الاعتصام السلمي حق دستوري، ولقد صرح الدكتور كمال الجنزوري منذ أيام أنه لن يتم فض اعتصام أو تظاهر سلمي بالعنف أو حتى بالكلمة واليوم نرى العدوان على المعتصمين الذي وصل إلي حد القتل وإصابة المئات من دون أي مبرر". وتابعت "حدوث هذه الأحداث المؤسفة في غمرة الاهتمام الشعبي بالانتخابات ونتائجها إنما يلقي بظلال من الشك على وجود الرغبة في إتمامها أو الإقرار بحسن تمثيلها لقوى الشعب". وأضاف البيان أن جماعة الإخوان المسلمين وكذلك الشعب المصري سوف يتمسكون بحريتهم وسيادتهم وحقهم في حكم بلدهم والتصدي لكل المعوقات التي تريد إيقاف عجلة الثورة والتغيير الجذري لكل جوانب الحياة. يذكر أن حزب الحرية والعدالة الذراع السياسية لجماعة الاخوان المسلمين حقق تقدما كبيرا على بقية الأحزاب السياسية خلال المرحلة الأولى من الانتخابات المصرية ومن المتوقع أن يواصل تقدمه في المرحلتين الثانية والثالثة.