استبعدت مصر اللجوء إلى الخيار العسكري في الخلاف حول إعادة تقسيم مياه النيل، في ظل رفضها للاتفاقية الإطارية التي تتبنها دول المنابع، وتتضمن تقليص حصة مصر من مياه النهر بموجب اتفاقيتي عامي 1929 و1959. وأكدت السفيرة منى عمر مساعد وزير الخارجية المصرية للشئون الإفريقية في تصريح لوكالة الأنباء الألمانية، أن مصر لا تلجأ أبدًا لعمليات عسكرية ضد أي دولة أفريقية، مستبعدة بشكل تام اللجوء إلى القوة العسكرية، "فلن تتم حروب أبدًا بسبب المياه بين مصر ودول أفريقية بل ستصر مصر على الاستمرار في المفاوضات والحوار فقط لا غير". وترفض مصر ومعها السودان التوقيع على الاتفاقية الإطارية، مشترطة أن تتضمن ثلاث بنودها، وهي: الأمن المائي، بما يضمن الإبقاء على حصتها التاريخية في مياه النيل والبالغة 55 مليار متر مكعب، والإخطار المسبق قبل تنفيذ مشروعات في أعالي النيل، واتخاذ القرارات بالإجماع أو الأغلبية المشروطة بموافقة دولتي المصب مصر والسودان. وقالت عمر، إن المفاوضات مع تلك الدول لم تصل إلى طريق مسدود، وأضافت أن الاتصالات لا تزال مستمرة لتحقيق التوافق المطلوب، مؤكدة أن العلاقات مع دول حوض النيل تمثل أولوية مطلقة للسياسة الخارجية لمصر منذ سنوات عديدة، وليس الآن فقط، واصفة إياها بالعلاقات "التاريخية والأزلية". وترى بعض دول حوض النيل أن الاتفاقيات السابقة غير عادلة، وتريد التوصل إلى اتفاق "منصف" لتقاسم المياه التي من شأنها أن تسمح لمزيد من مشاريع الري والطاقة. أما مصر التي تعتمد على نهر النيل بشكل أساسي، فترى أن بإمكان الدول الواقعة في أعلى النهر الإفادة بشكل أفضل من هطول الأمطار وغيرها من مصادر المياه. وانتقدت مساعدة وزير الخارجية المصرية تحليلات وسائل الإعلام التي تتحدث فيها عن حرب مياه مقبلة، وهو ما قالت إنه يؤثر بشكل سلبي ليس فقط بالموقف التفاوضي المصري لكن أيضًا على المصالح المصرية بشكل مباشر، لأنه من الطبيعي أن أي دولة سترصد المواقف العدائية للدول الأخرى ويجعلها ذلك أكثر تشددًا في مواقفها. وحول ما يتردد أن الدولة الصهيونية تقف خلف بعض المواقف المتشددة لبعض دول حوض النيل، قالت الدبلوماسية المصرية "يجب أن لا نعتبر أن سعى أي دولة لتحقيق مصالحها يتعارض بالضرورة مع مصالحنا، ونضع ذلك كشماعة توقف تحركنا". وأكدت أن التواجد المصري في أفريقيا بصفة عامة أكبر بكثير وأقدم بكثير من التواجد الصهيوني، موضحة أن مواقف الدول الإفريقية واضحة ودائمًا ما تصدر قرارات قوية من قبل الاتحاد الإفريقي في هذا الإطار. يشار إلى أن بوروندي وجمهورية الكونغو الديمقراطية وإثيوبيا وكينيا ورواندا وتنزانيا وأوغندا اتفقت في 13 أبريل على الاتفاق الجديد، لكن مصر والسودان، أكبر المستهلكين لمياه النهر، ينأيان عنها، وتمضي الدول الموقعة على الاتفاق إلى إقرارها بشكل نهائي في اجتماع مقرر في غضون أيام.
كارثة مائية وفى سياق متصل، انتقدت صحيفة "ديلي نيشن" الكينية تمسك مصر بوجهة نظرها بشأن المفاوضات المتعلقة بالمياه في دول حوض النيل، وزعمت إن التعنت غير المبرر في وجهة النظر المصرية ربما يرجع إلى أصولها الفرعونية التي تعتبر نهر النيل "إله" مصري خالص، ما يجعل المصريين يشعرون أنه من حقهم الطبيعي أن يحتفظوا بأكبر حصة من مياه النيل. لكن المشكلة ليست في مصر فقط، التي تعتمد على النيل بنسبة 95% في الري والشرب، بل في دول حوض النيل العشرة التي تبحث عن اتفاقية توزيع عادلة جديدة لمياه النيل، ودول حوض النيل تتضمن: بوروندي، الكونجو، مصر، إريتريا، إثيوبيا، كينيا، السودان، رواندا، تنزانيا وأوغندا. وأشارت الصحيفة إلى أنه يوجد نحو 300 مليون نسمة في دول حوض النيل، في الوقت الذي تؤكد فيه مصر على احتياجها الجاد لحصتها في مياه النيل التي تبلغ نحو 87%، طبقا لمعاهدة وقعتها فى العام 1929. وفي دول أعالي النيل، تنتشر الآراء المناهضة لاعتراضات مصر بشأن التوقيع على اتفاقيات جديدة أو حتى تعديل الاتفاقية القائمة، كما أن اتفاق مصر والسودان لعام 1959 والذي زود مصر بموجبه حصتها من مياه النيل، الأمر وصفته الصحيفة ب"الصفاقة والسرقة"!، حسب زعمها. وحذرت الصحيفة في النهاية من أن تمسك الجانب المصري بموقفه "المتعنت" سيؤدي إلى كارثة جفاف يقع ضحيتها ملايين المصريين، وبدلا من الانعزال، ينبغي على مصر أن تتوصل لاتفاق يتيح التوزيع العادل بين دول حوض النيل، عن طريق المفاوضات.