في دلالة على استهداف النظام المصري الأثرَ السياسي من الإعلان عن البدء في المشروع النووي دون وجود نية حقيقية لدى النظام في اتخاذ إجراءات.. ظهرت مؤشراتٌ على عدم اهتمام الجهات الرسمية في البلاد بالبدء في تنفيذ المشروع النووي المصري. فقد ظهرت بوادر أزمة بين وزارة الكهرباء والطاقة والمجلس الأعلى للآثار قد تُعرقل بدء المشروع النووي المصري؛ حيث نقلت وكالات الأنباء عن مسئولٍ بارزٍ في وزارة الكهرباء قوله: إن هيئة المحطات النووية فوجئت قبل يومين بورود خطابٍ رسميٍّ من رئيس المجلس الأعلى للآثار المصرية الدكتور زاهي حوَّاس يطلب فيه السماحَ لخبراء الهيئة بدخول موقع الضبعة النووي والتنقيب فيه عن الآثار؛ بدعوى وجود آثار رومانية وإغريقية به. وقال المسئول: إن حوَّاس ذكر في خطابه أن موقع الضبعة به آثارٌ رومانية وإغريقية وبقايا كسر فخار وبقايا بيوت قديمة ترجع إلى هذه العصور، مطالبًا السماحَ لخبراء مجلس الآثار بمسح الموقع وبدء عمليات التنقيب عن هذه الآثار، وأضاف المصدر أن هيئة المحطات النووية قامت بإخطار وزير الكهرباء والطاقة الدكتور حسن يونس للردِّ على ما جاء بالخطاب. وأكد المسئول في وزارة الطاقة أن تحرك مجلس الآثار يبيِّن "مدى تربُّص عدد من الدوائر بهذا الموقع؛ تمهيدًا لتسليمه إلى رجال الأعمال السياحيين والقضاء على المشروع النووي" مشيرًا إلى أن المشروع النووي قد أُنفق عليه 700 مليون جنيه حتى الآن، كما أكد أن المكتب السويسري موتور كولومبس أعلن أن هذا الموقع هو الوحيد في مصر الأكثر ملاءمةً للمشروع النووي ومن جانبه أكد الدكتور زاهي حوَّاس أنه أرسل الخطاب بالفعل، مشيرًا إلى أنه طلب من المسئولين بوزارة الكهرباء عدم البدء في أي مشروعات قبل إجراء "مجسات وحفائر وتنقيب بالمنطقة بحثًا عن آثار ترجع إلى عصر رمسيس الثاني والهكسوس". ويُشار في هذا السياق إلى أنه إذا ثبت وجود آثار فيها فلن يستطيع خبراء الكهرباء العمل طبقًا لقانون حماية الآثار رقم 117 لسنة 1983، والذي يعطي الحقَّ للمجلس الأعلى للآثار في السيطرة على أي موقع قد تُكتشف فيه آثار. وفي السياق نفسه ذكر مصدر مسئول أن تقرير خبراء وزارة الري- بشأن دراسة اقتراح الحكومة المصرية بشقِّ ترعةٍ من البحر إلى جنوب الضبعة داخل الصحراء بهدف نقل الموقع- أكد ارتفاع التكلفة إلى حدود 500 مليون جنيه. وفي تعليق على ذلك أكد رئيس هيئة الطاقة الذرية الأسبق والخبير بمركز الأمان النووي الدكتور عزت عبد العزيز أن اقتراح الحكومة بنقل الموقع إلى داخل الصحراء يُثبت عدم جديتها لتنفيذ المشروع.
