كشف تقرير فني أصدره الجهاز البيئي بالشرقية، حول الوضع بالمحافظة أن الصرف الصحي من أكبر مشكلات المحافظة؛ حيث إن نسبة القرى غير المخدومة بالشرقية تتجاوز 83% من إجمالي السكان، مما تسبب في تلوث المجاري المائية العذبة، نظرا لقيام الأهالي بالتخلص من مياه الصرف الصحي عن طريق بيارات الكسح العادية على المجاري المائية العذبة، واستخدامها بعد ذلك في ري الأراضي الزراعية وفي محطات معالجة المياه لأغراض الشرب والاستخدام المنزلي، علاوة على صرف مياه البيارات السلبية على الخزان الجوفي مما يؤثر سلبا على جودة المياه التي تستخدم أيضا في مياه الشرب والتي تمثل مصدرا لمياه الشرب بنسبة 7 %.. وأوضح التقرير، قيام فرع جهاز شئون البيئة بالشرقية بأعمال الرصد البيئي الميداني للتعرف على مصادر التلوث وجمع البيانات المتعلقة بكل الأنشطة الخدمية والصناعية، واختيار 7نقاط على طول مجرى بحر "مويس" كنقاط أساسية وثابتة لسحب عينات المياه بصفة دورية ويتم إجراء التحاليل البيئية للعينات المسحوبة بهدف استخلاص المؤشرات البيئية لتعرف على جودة نوعية المياه وتقييم كامل لمدى صلاحيتها للاستخدامات المختلفة. وأشار التقرير إلى عدم توحيد الجهود بين كل من الري والإدارات المحلية وشرطة المسطحات، ونقص خدمة الصرف الصحي في القرى والنجوع التعديات المستمرة على المجارى المائية العذبة مخلفات الإنشاءات، وغياب الرقابة الأمنية، وهو ما أدى إلى عدم القدرة على مواجهة التلوث المياه نتيجة الصرف الصحي مما ترتب عليه تلوث بحيرة المنزلة نتيجة صرف مياه بحر البقر المحملة بالعديد من الملوثات عليه ضعف إنتاجية الأسماك من بحيرة المنزلة نتيجة تلوث مياه البحيرة والتي تؤثر أيضا على حجم ونوعية الأسماك، انتشار الأوبئة المنقولة عن بعض القوارض والحشرات الطائرة، إلي جانب انتشار الأمراض نتيجة التلوث الغذائي عن طريق الأسماك المنتجة من مزارع سهل الحسينية التي تروى بمياه مصرف بحر البقر.