انتقدت منظمة العفو الدولية قيام الولاياتالمتحدة بإحالة ستة من المشتبه في صلتهم بهجمات 11 سبتمبر 2001 على نيويورك وواشنطن إلى محاكم عسكرية أمريكية استثنائية, داعية الإدارة الأمريكية إلى عدم إنزال عقوبة الإعدام بحقهم. وشكك الفرع الأمريكي للمنظمة بنزاهة وحياد هذه المحاكم العسكرية، وأعربت عن تخوفها من استخدام هذه المحاكم للمعلومات التي انتزعت بالتعذيب من المتهمين. ودعت المنظمة إلى حض الولاياتالمتحدة على التخلي عن هذه المحاكم العسكرية وعرضهم على محاكم مستقلة وغير منحازة، من دون اللجوء إلى عقوبة الإعدام، حسبما أفاد الباحث روب فرير من فرع المنظمة الأمريكي. وأضاف أن وزارة الدفاع الأمريكية إلى جانب الرئيس جورج بوش تتمتع بنفوذ كبير على سير المحاكم العسكرية. وأوضح بعبارات أخرى، تفتقر هذه المحاكم ذات الصلاحيات غير الكافية إلى الاستقلالية حيال الدوائر القيادية نفسها التي أجازت وتساهلت مع الانتهاكات المنهجية لحقوق الإنسان التي ارتكبت ضد هؤلاء السجناء. توجيه التهم يأتي ذلك ردا على قيام وزارة الدفاع الأمريكية (البنتاغون) بتوجيه التهم إلى ستة من المتهمين بهجمات 11 سبتمبر 2001 بينهم خالد شيخ محمد الذي يشتبه في أنه العقل المدبر للهجمات, ومطالبة الوزارة بإنزال عقوبة الإعدام بحقهم. وأعلن المستشار العسكري المكلف الدعاوى القضائية توماس هارتمان في مؤتمر صحفي بمقر البنتاغون أن السلطات المختصة التابعة للجان العسكرية المكلفة محاكمة المتهمين تلقت بيانات الاتهام بحق ستة أشخاص يشتبه في مشاركتهم في إعداد وتنفيذ الهجمات التي استهدفت الولاياتالمتحدة، وأضاف أن الادعاء العام طالب بإنزال عقوبة الإعدام بالمتهمين الستة. وكان خالد شيخ محمد أكد العام الماضي خلال جلسة إدارية أنه نظم نحو 30 هجوما أو مشاريع هجمات ولا سيما هجمات سبتمبر التي أسفرت عن مقتل نحو ثلاثة آلاف شخص. اعترافات تحت التعذيب غير أن اعترافاته يمكن أن تثير بعض المشاكل إذا استخدمت كدليل نظراً لإقرار المخابرات المركزية الأمريكية بإخضاعه لأسلوب استجواب يعرف باسم الغمر في الماء واعتبر على نطاق واسع ضمن أساليب التعذيب. يشار إلى أن هذه التهم هي الأولى التي توجهها محكمة غوانتانامو العسكرية، كما ستكون الأولى التي تشمل عقوبة الإعدام، وسترسل التهم إلى سوزان كراوفورد المسئولة التي عينتها وزارة الدفاع الأمريكية للإشراف على محاكمات سجناء غوانتانامو والتي يتعين الحصول على موافقتها قبل المضي في أي محاكمة.