فى ظل اختيار بابا جديد للكنيسة الأرثوذكسية مع بداية الجمهورية الثانية وتحت حكم إسلامى وأوضاع مختلفة كليا عما كانت عليه قبل ثورة 25 يناير 2011، اختلفت الملفات والاهتمامات التى يواجهه البابا تواضروس الثانى خاصة فى ظل رئيس مدنى منتخب وينتمى للتيار الإسلامى، ولأكبر جماعة وتنظيم إسلامى فى مصر هو الإخوان المسلمين، وفى ظل خلافة البابا لشخصية كانت تمتلك كاريزما خاصة آثرت فى الجميع من سلطة وشعب ومسلمين ومسيحيين، وخارج وداخل مصر هو البابا الراحل شنودة الثالث، فالقرارات الأولى للبابا ستكشف رؤيته لفلسفة الإدارة الكنسية.ظروف اختيار البابا تواضروس الثانى هى تقريبا ظروف اختيار سلفه البابا شنودة الثالث، فعندما أعتلى البابا شنودة الثالث الكرسى البابوى عام 1971 كانت بداية عهد الرئيس أنور السادات، كما أنه عندما تولى كيرلس السادس كرسى البابوية عام 1959، كان ذلك فى أوائل حكم الرئيس السابق جمال عبد الناصر، وها هو الأمر يتكرر الأمر مع البابا تواضروس الثانى الذى وصل لرأس الكنيسة فى بداية عهد الرئيس محمد مرسى.وهناك الكثير من القضايا على كاهل البابا تواضروس الثانى منها ما هو متراكم منذ عقود كملف اللائحة 1957 وملف بناء الكنائس ولائحة 1938 وقوانين الأحوال الشخصية، ومنها ما هو كنسى يحتاج لإصلاحات، وجانب سياسى يرتبط بالدولة وعلاقتها بالأقباط والقوانين التى وضعت فى الأدراج لعشرات الأعوام.وبالنسبة للملفات المهمة خارج الكنيسة، يخص أغلبها علاقة الكنيسة بالدولة، وهى مؤجلة منذ عهد النظام السابق، مثل إقرار مشروع القانون الموحد لبناء دور العبادة، حيث يوجد قرابة 50 كنيسة مغلقة فى مصر لدواع أمنية، وقد أعلنت السلطات المصرية فى مايو 2011 أنها ستعيد النظر فى ملفات 48 كنيسة أغلقت فى زمن الرئيس السابق حسنى مبارك، وأنها ستُقرر الكنائس التى سيعاد فتحها وفيه أيضا قانون دور العبادة الموحد، حيث كان المجلس العسكرى قد أعد قانونا فى يونيو 2011 والذى خلا من رقابة التمويل على بناء الكنائس، أو فرض مبالغ مالية قدرها 10 آلاف جنيه عن طلب ترخيص البناء، ومبلغ ألف جنيه عن طلب الترخيص بتعلية أو توسيع أو تدعيم دور عبادة قائمة، إلا أن الجدل مازال قائما وتحت النقاش الكنسى والمجتمعى، ويدور الحديث حول أفضلية صدور قانون خاص ببناء الكنائس أم قانون موحد لكافة دور العبادة.وثانى الملفات الخارجية التى من المتوقع أن يهتم بها البابا تواضروس الثانى هى إقرار قانون عدم التمييز الذى ينص على المواطنة الكاملة وعدم التمييز ضد أى شخص بسبب ديانته.أما الدستور الجديد فهو أيضا ملف مهم أمام البابا، فهناك بعض المواد الخلافية التى لم يتم التوافق عليها، مثل مساواة الرجل بالمرأة، ومادة المواطنة وأغلب مواد باب الحريات.فينتظر البابا تواضروس الثانى مشروعات قوانين معدة منذ وقت طويل بشأن الوضع الكنسى وأحوال الأقباط، ولم يتم البت فيها، ولعل أهمها تعديل لائحة انتخاب البابا الصادرة عام 1957، وقد أكد الأنبا باخوميوس القائمقام البطريركى، أن المرشحون للقرعة الهيكلية تعهدوا بتغيير اللائحة خلال عام، فى حال فوز أى منهم بمنصب البطريرك، فيما أعد التيار العلمانى لائحة جديدة لانتخاب البطريرك عام 2007، وجرى تنقيحها لعرضها على البابا الجديد.وتعديل لائحة 57، من أوليات المرحلة حيث سيتم عرض مقترحات سيتم عرضها على البابا، وشملت عددا من البنود المهمة منها، استحداث منصب نائب البابا وهو منصب إدارى يضبط الحركة داخل الكنيسة فى الفترات الانتقالية التى تعقب خلو الكرسى البابوى، وفى فترات غياب البابا لمختلف الأسباب، وإلغاء منصب قائممقام البطريرك باعتباره أحد موروثات دولة الطوائف والملل وعدم ملاءمته للعصر، واستحداث نظام الدوائر المتخصصة فى مجالات عمل الكنيسة المختلفة كخطوة ضرورية للتحول من النظام الفردى فى قيادة الكنيسة إلى النظام الجماعى والمؤسسى، وتوسيع القاعدة الانتخابية بضوابط لازمة، حتى تأتى أكثر تحقيقاً للمبدأ الكنسى (حق الشعب فى اختيار راعيه) ومتمشية مع التوسع الجغرافى والبشرى الذى تشهده الكنيسة، سواء فى داخل الوطن أو خارجه، وإلغاء نظام القرعة الهيكلية لأسباب عديدة، أهمها: عدم اتساقها مع فلسفة الانتخاب بل وإهدارها لها، وعدم قانونيتها فالمفترض إن تُجرى بين متساويين، وهو ما لا يتوافر فى حالة المرشحين للكرسى لتباين الأصوات الحاصلين عليها، وأنها لم تُتَبع فى الكنيسة على مدى تاريخها إلا ثلاث مرات.من جهته، قال مدحت بشاى المفكر القبطى عضو التيار العلمانى، إن الدور السياسى لم يعد من مهام البابا بعد التغيرات التى شهدها الشارع المصرى وخروج الأقباط من خلال الشباب للاشتباك مع المجتمع إيجابيا، حيث خرجوا من الكنيسة، وهناك قضايا وملفات كنسية لها أولية قصوى يتم الإعداد لها فى ملفات خاصة.وسوف يتم طرحها على مكتب البابا منها، المصالحة الكنيسة ومعالجة القضايا المعلقة داخل الكنيسة وتصيح العلاقة مع الأطياف المختلفة داخل الكنيسة، وإعادة هيكلة عدد من المنظومات الإدارية أولها، التعليم الإكليريكى ومدارس الأحد وخدمة الشباب وغيرها، لتتفق مع الزخم الأرثوذكسى الذى توارى، بجانب إعادة هيكلة الإدارة المالية، بما يحقق رقابة أدق على الموارد، وتوظيف معاصر للاستخدامات بشكل علمى احترافى متخصص، وإعادة النظر فى المجلس الملى بدءاً من المسمى والاختصاصات والآليات، ووضع منظومة متكاملة للمحاكمات الكنسية، وسن قانون مكتوب لها للخروج بها من دائرة التقدير والهوى الشخصى، وكذلك وضع لائحة انتخاب البابا البطريرك تجمع بين الأصالة والمعاصرة.ومن ضمن الملفات الشائكة التى تنتظر البابا الجديد، إعادة النظر فى ملف الرهبنة، بدءاً من شروط وطريقة قبول طالبى الرهبنة، وإعادة نسق التلمذة، وضبط العلاقات داخل الأديرة، وإضافة الرهبنة الخادمة بجوار الرهبنة التقليدية، ومجلس أعلى للرهبنة لترتيب كيفية الإفادة من طاقات الرهبنة فكريا وثقافيا واقتصاديا وزراعيا، حيث أعد التيار العلمانى ورقة بحثية بعنوان الرهبنة المعاصرة، فى ضوء احتياجات الكنيسة والمجتمع المصرى، لطرحها على البابا، وذلك لعدد من الأسباب، منها أن الرهبنة هى المدخل الرسمى لتولى مقاليد تدبير الكنيسة على مدى قرون طويلة.ومن ضمن الملفات المهمة أيضا، التأديبات الكنسية وفقا للكتاب المقدس والتقليد القانون الكنسى، ومن أجل الحفاظ على حدود الوظائف الكهنوتية والتدبيرية فى الكنيسة، قامت المحاكم الكنسية، كما يجمل ذلك القانون التاسع والعشرون من قوانين الرسل، ويتضمن المشروع، الاستعانة بالقوانين المدنية المعاصرة لترسيخ أسس العدالة فى المحاكمات الكنسية.ومن الملفات الشائكة أيضا، إعادة تشكيل المجلس الملى، والذى انتهى عمله على أرض الواقع فى إبريل 2011، فقد صدر قرار رئيس الجمهورية رقم 135 لسنة 2006 لمد عمل المجلس الملى خمس سنوات بدأت فى 1242006 وانتهت فى 1142011.وهناك مطالب بأن يتم توسيع صلاحيات المجلس الملى ليكون هناك تمثيل كامل للكنيسة فى كافة النواحى المدنية بما يشبه البرلمان المدنى ويخلو من الأكليروس، ويضم فى عضويته رؤساء وسكرتارية كافة المجالس الملية الفرعية، بعد إن كانت اختصاصات المجلس الملى الحالى تختص فقط الإشراف على المدارس التابعة للبطريكية، ويعمل بالتعاون والتوازى مع المجمع المقدس، ويتضمن اختصاصات تتعلق بعلاقة الدولة بالأقباط، ويحق له اقتراح مشروعات قوانين لتقديمها للبرلمان، أو إلى رئاسة الجمهورية، أو رئيس الوزراء.وكما يواجه البابا المطالبات بإجراء انتخابات للمجمع المقدس لاختيار سكرتير جديد للمجلس، ويحق لأى أسقف الترشح ليكون سكرتيرا، بعد أن أمضى الأنبا بيشوى 20 عاما تقريبا فى خدمة الكنيسة، فى حين أن اختيار السكرتير كل خمس سنوات، بجانب ضرورة تشكيل لجان المجمع المقدس وانتخابات لاختيار سكرتير للمجمع، وتشكيل فريق للسكرتارية، وأيضا انتخابات المجالس الملية، وقد يمتد الأمر إلى إعادة تشكيل الهيئات القبطية والمعاهد التعليمية.ومن الملفات التى تنتظر البابا القادم أيضا، قانون الأحوال الشخصية الموحد للأقباط، الذى تقدمت به الطوائف المسيحية الثلاث فى مصر الأرثوذكس والكاثوليك والإنجيلية عام ; إلى وزارة العدل لمناقشته، وتم وضعة فى الأدراج، واجتمع رؤساء الكنائس المسيحية فى مصر وممثليها عام لمناقشته مرة ثانية ومراجعته، وتمت المراجعة بالفعل، وإدخال بعض التعديلات الطفيفة عليه، لكن القانون دخل الأدراج ولم يخرج منها منذ هذا التاريخ، حتى بعد موافقة الأزهر الشريف عليه، وعدم مخالفته لأى من مبادئ الشريعة الإسلامية.ومن الملفات الداخلية لائحة 1938 الخاصة بالأحوال الشخصية والتى أباحت الطلاق لتسعة أسباب، هى الغياب، والجنون أو المرض المعدى، والاعتداء الجسدى، وإساءة السلوك والانغماس فى الرذيلة، وإساءة العشرة واستحكام النفور، وترهبن أحد الزوجين، والزنى، والفرقة، وتغيير الدين، إلا أن البابا الراحل شنودة الثالث ألغاها واعتمد لائحة جديدة عام 2008 تنص على أن يكون الطلاق لعلة الزنى فقط حسب نص الإنجيل.ويمثل هذا الملف صداعا فى رأس البابا تواضروس الثانى بسبب تزايد حالات الطلاق المعروضة على المجلس الإكليريكى العام، المعنى بالنظر فى أحوال الزواج والطلاق وإصدار تصاريح الزواج الثانى للمسيحيين، الذى يرأسه بالإنابة الأنبا بولا أسقف طنطا، المتحدث الرسمى باسم لجنة الانتخابات البابوية.
