كشفت مصادر قريبة من مؤسسة الرئاسة المصرية أن هناك خلافات بين الرئيس المصري محمد مرسي ونائب المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين في مصر خيرت الشاطر ، وأن هناك وساطة خليجية لحل هذا الخلاف حتى لا يظهر إلى العلن، ما قد يتسبب بإشكالات يصعب حلها لاحقا أو تكون معالجتها باهظة للغايةحيث اوردت صحيفة الرأى الكويتية أن الخلافات نشبت نتيجة لمعارضة خيرت الشاطر لعدد من القرارات التى اتخذها الرئيس محمد مرسى فى الأونة الأخيرة كان اخرها تفويض مرسي صلاحياته بعد مغادرته البلاد في إحدى الزيارات الخارجية إلى وزير الدفاع الفريق أول عبد الفتاح السيسي وليس رئيس الوزراء هشام قنديل كما كان يرغب الشاطر.وكشفت المصادر أن المرشد العام للجماعة محمد بديع تدخل لتسوية الخلافات قبل سفر الرئيس لإلقاء كلمته في الجمعية العامة للأمم المتحدة الأسبوع الماضي، إلا أنه لم يفلح في ذلك، وسافر مرسي والخلافات قائمة مما استدعى تدخل الوسيط الخليجى الذى لم تكشف عنه المصادر.