طلب المستشار "محمد شيرين فهمي" من أحد أعضاء هيئة الدفاع عن المتهمين في القضية المعروفة إعلاميًا ب " خلية الظواهري " رفض استخدامه وصف شيخ للإشارة للمتهم الرئيسي في القضية " محمد الظواهري " خلال حديثه للمحكمة، فاحتد القاضي على محامي الدفاع قائلًا " اسمه متهم مش شيخ، أنا معنديش شيوخ هنا ". وفي سياق متصل أبدى الظواهري من داخل القفص اعتراضه على امتناع دفاعه عن توجيه كامل أسئلته للشاهد في القضية الضابط بالأمن الوطني مجري التحريات، ليكون رد هيئة الدفاع بأن الأسئلة التي تم التغاضي عنها تدور حول التناقضات في أقوال الشاهد وأن تلك التناقضات تكون مرافعات الدفاع هي المسئولة عن إبرازها في حينها. وكشفت تحقيقات النيابة العامة أن المتهمين من العناصر الإرهابية شديدة الخطورة، وأنهم قاموا بإنشاء وإدارة تنظيم إرهابي يهدف إلى تكفير سلطات الدولة ومواجهتها باستخدام السلاح، لتغيير نظام الحكم بالقوة، والاعتداء على ضباط وأفراد ومنشآت القوات المسلحة والشرطة، واستهداف الأقباط ودور عبادتهم واستحلال أموالهم، وارتكاب أعمال إرهابية بهدف نشر الفوضى في البلاد وتعريض أمن المجتمع للخطر.