استعانت وزارة الداخلية بالقوات المسلحة في تأمين السجون، إلى جانب تشكيلات من قوات الأمن المركزي، وذلك بعد تهديدات مستمرة للسجون بوجود محاولات للاقتحام من الخارج. وتشهد السجون المصرية حالة من الشغب بشكل عام، عقب الإعلان عن الإفراج عن 1014 سجينا فقط بنصف المدة، في الوقت الذي تدرس فيه السجون حالات 4488 حالة أخرى، إلا ان السجناء داخل السجون فرضوا سيطرتهم علي بعض السجون مثل القطا، وأثاروا الشغب بشكل مستمر في سجون أخرى مثل سجن الاستئناف، وقاموا بإشعال النار في البطاطين في محاولات للهرب من عدد من السجون. واتهم السجناء وزارة الداخلية بعدم تنفيذ وعودها التي وعد بها الوزير السابق اللواء محمود وجدي بتطبيق قرار الإفراج بالعفو بمضي نصف مدة العقوبة على جميع السجناء الجنائيين المتهمين في قضايا مخدرات وغيرها، بعد إعدادها مشروع قانون جديد وعرضه على المجلس العسكري لتنفيذه، وتعديل القوانين الخاصة بالافراج عن مضي المدة في قضايا المخدرات، بدلا من القانون القديم الذي لا يسمح بتطبيق شروط الإفراج بمضي نصف مدة العقوبة عليهم، وبالفعل تم تطبيق العفو ولكن على 1014 فقط، ولم يتم الافراج عن باقي المستحقين، وهو ما نفته مصادر أمنية مؤكده انه يتم دراسة 4488 حالة سجين بمضي نصف المدة .