مازال عدم الاستقرار الإداري هو الحال المسيطر علي ميناء القاهرة الجوي فالشركة بمجرد ان تنتهي من مشكلة تدخل في أخري وكأن الأزمات عرض مستمر والضحية هو مطار القاهرة الدولي الذي يتدهور مستواه من يوم لآخر.. آخر المشاكل الإدارية التي يعاني منها العاملون بالشركة هي نسبة الزيادة المالية البالغة بنسبة 30% والتي تقرر تخصيصها في الفترة الأخيرة وما زالت محل خلاف فالعاملون يريدون إضافتها علي الأساسي بينما قررت الشركة إضافتها علي الحوافز والعجيب أن البعض يؤكد ان قرار الزيادة لم يصل للإدارة المالية حتي الآن.. الزيادة المالية ليست المشكلة الوحيدة التي تواجه العاملين بالشركة فهناك ايضا ازمة ابناط التميزوالتي تعد مشكلة المشاكل خاصة ان توزيعها يفتقد الشفافية كما أن نسبتها تتباين من إدارة لأخري ولا يوجد قانون يحكمها وكل إدارة تستطيع اقتناص اكبر عدد من الابناط للعاملين فيها حسب قوتها وعلو صوتها بمعني أن الادارة التي تستطيع خلق مشكلة في تسيير العمل بالمطار يعمل لها المسئولون بالشركة ألف حساب ويتم تخصيص أكبر عدد من الابناط والدليل علي ذلك أن العاملين في المهبط وسيور الحقائب لهم نصيب أكبرمن الأبناط مقارنة بنظرائهم في الشركة وهو ما دعا العاملين الي المطالبة بنسب ثابت لكل إدارة ثم يقوم مديرها بتوزيع الأبناط طبقا للكفاءة والأجادة في العمل . اما المشكلة التي تؤرق بال العاملين وينوون تفعيلها الفترة المقبلة فهي صندوق الزمالة الذي يجدونه مجحفا حيث يتم حسابه بنسبة 60% من اساسي عام 2010 باجمالي 3 شهورلكل سنة خدمة بحيث لا تتجاوز قيمة الصندوق 80 الف جنيه وهو ما يراه جميع العاملين ظلماً بيناً لهم خاصة إذا ما قارنوا أنفسهم بنظرائهم في مصر للطيران الذين يتقاضون أضعاف هذا المبلغ ولعل الفترة الماضية قد شهدت العديد من الوقفات الاحتجاجية من جانب العاملين بشركة الميناء للمطالبة بتعديل اللائحة المادية خاصة ان معظمهم يرون ان حقهم مهضوم لأن الشركة حتي في أحلك الظروف تربح ومع ذلك لا يجنون شيئا من هذه الأرباح عكس بعض الشركات الأخري في وزارة الطيران المدني وهذه النقطة بالأخص تمثل ازمة مزمنة للعاملين بالشركة.. أيضا يرغب العاملون في تغيير اللائحة الإدارية للشركة والتي يعيبها عدم وجود قواعد للترقي وهو ما يرغب الكثيرون في تغييره بعد ثورة 25 يناير.