لرفضه استخدام اتوبيسات جامعة بورسعيد في نقل عناصر الإخوان المسلمين من بورسعيد إلي اعتصامات رابعة العدوية وميدان النهضة قرر د. عماد عبدالجليل "الإخواني" رئيس جامعة بورسعيد ايقاف محمد المالكي الموظف بكلية الهندسة وايقافه عن العمل لمدة ثلاثة أشهر اعتبارا من هذا الاسبوع لعدم تنفيذه تعليمات رئيس الجامعة إلا أن قرار الايقاف لم يشر الي هذه الواقعة ولكنه استند إلي مذكرة مدير أمن الجامعة ان المالكي اصطحب مجموعة من الموظفين واغلقوا باب مكتب رئيس الجامعة وحطموا كاميرات المراقبة وعمل وآخرين علي طرد مديرة مكتبه ونائبة رئيس الجامعة. في الوقت نفسه تزايدت حدة الانتقادات والوقفات الاحتجاجية أمام مكتب رئيس الجامعة بشكل شبه يومي حتي انه لم يعد يحضر بصفة يومية إلي مكتبه ويدير شئون الجامعة من منزله!!