بعد أيام على إعلان القاهرة أن جزيرتي تيران وصنافير في البحر الأحمر تعودان للسعودية، قال وزير الخارجية السوداني إبراهيم الغندور الثلاثاء 12 أبريل 2016، أن بلاده ستبدأ بالتفاوض حول مدينتي حلايب وشلاتين. وأشار الغندور، أن قضية حلايب وشلاتين لم تأخذ مساراً جديداً، مرجحاً أن تحل إما عن طريق التفاوض حولها مباشرة، أو اللجوء للتحكيم الدولي، حتى لا تكون شوكة فى العلاقات المصرية السودانية. واعتبر وزير الخارجية السوداني أن كل سوداني يؤكد أن حلايب سودانية بينما كل مصري يؤكد بأنها مصرية، لكن ما بيننا هو التاريخ والحدود الجغرافية، لذلك أرجح بأن الحل الأمثل هو التفاوض فيها أو اللجوء للتحكيم الدولي، مصيفاً أن"حلايب بالنسبة لنا قضية وطنية وأرض نعمل على حلها بالتراضي بين أشقائنا المصريين". وأثارت قضية مدينتي حلايب وشلاتين الواقعتين تحت الإدارة المصرية، خلافاً بين القاهرة والخرطوم، وكل منهما تدعي أنهما تابعتان لها. وكانت مصر والسعودية قد وقعتا اتفاقية ترسيم الحدود البحرية بينهما مما نجم عنها تنازل القاهرة للرياض عن جزيرتي تيران وصنافير في البحر الأحمر الأمر الذي أثار غضباً عارماً في مصر.