قرارات كثيرة اتخذها الرئيس عبدالفتاح السيسي منذ توليه مهام رئيس الجمهورية ، أثار العديد منها جدلا شديدا بين قطاعات الشعب وفئاته المختلفة ، من بينهم سياسيين وحقوقيين وعاملين وغيرهم ، بينما يبقى من بين هذه القرارات عدد يعتبره محللون وقانونيون وسياسيون هو الأخطر على الإطلاق خلال عامين من عزل الرئيس السابق محمد مرسي . سبعة قرارات خطيرة اتخذها السيسي عقب 30 يونيو ، كان آخرها قانون منح وزارتي الداخلية والدفاع والأجهزة التابعة لهما والمخابرات العامة الحق في تأسيس شركات حراسة المنشآت ونقل الأموال. وقبله بساعات أتخذ قرارًا جمهوريًا يفيد بأنه يجوز للرئيس إعفاء رؤساء وأعضاء الهيئات المستقلة والأجهزة الرقابية، بينما نصت المادة 216 من الدستور على «لا يُعفى أي منهم من منصبه إلا في الحالات المحددة بالقانون». ومن جانبه، أوضح الدكتور شوقي السيد، الفقيه الدستوري، إن الرئيس عبد الفتاح السيسي له سلطة التشريع مع غياب مجلس الشعب، والقرار الجمهوري الخاص بحالات إعفاء رؤساء الهيئات المستقلة، والأجهزة الرقابية، يتماشى مع دستور 2014. وأكد «السيد»، في تصريحات مُتلفزة، أن القانون يحدد حالات الإعفاء من المسؤولية، موضحًا أن هذا القانون مؤقت حتى يأتي مجلس الشعب، وسيعرض على مجلس النواب، مضيفًا أن القانون سيكون عرضة للتعديل أو الاستكمال أو الإلغاء. ولفت الفقيه الدستوري، إلى أن الدستور ترك تحديد حالات إعفاء الرؤساء من وظائفهم، مما يعني أن القرار موضوعي ومنهجي، مشيرًا إلى أنه مندهش من تصريح المستشار هشام جنينة بأنه غير قابل للعزل، لأن القانون موضوعي ولم يطبق على أحد، ولكنه لو تحققت أي حالة من الحالات المنصوص عليها سيكون القرار خاضعًا للرقابة القضائية.
أمنية وعسكرية ولم تكن تلك القوانين الأخطر والأجرأ، حيث أصدر الرئيس عبدالفتاح السيسى، في شهر ابريل من العام الجاري، قرارًا بإعلان حالة الطوارئ بعدة مناطق بشمال سيناء، لمدة ثلاثة أشهر وحظر التجوال بالمناطق المحددة طوال مدة إعلان حالة الطوارئ من الساعة الخامسة مساءً وحتى الساعة السابعة صباحًا أو لحين إشعار آخر. و قبله اتخذ قرار من أخطر القرارات، ففي فبراير الماضي وقام بتوجيه ضربة عسكرية ضد داعش، والجماعات الإرهابية فى عمق ليبيا، بعد أن قامت «داعش» بذبح 21 مصريًا قبطيًا، جاء هذا بعد ساعات من نشر التنظيم الارهابي البث المصور. المخابرات وبشأن جهاز المخابرات ، أصدر السيسي قرارات جمهورية، بشأن اعفاء عدد من قيادات الجهاز من مناصبهم، وجاءت في تصريحات أن تلك الاعفاءات جاءت بناء على رغبتهم، حيث أعفى رئيس جهاز المخابرات العامة اللواء محمد فريد التهامي من منصبه وكلف اللواء خالد فوزي بالقيام بمهام رئيس الجهاز، في ديسمبر من العام الماضي. وخلال العام الجاري أصدر قرار رقم 242 لسنة 2015، بإعفاء 9 من قيادات جهاز المخابرات من مناصبهم وإحالتهم للمعاش بناءا على طلبهم وهم ( محمود عادل محمد أبو الفتوح، سامي محمد عبد الله سعيد الجرف، أشرف محمد سعيد محمد الخطيب، محمد مصطفى يوسف سعودي، خالد سعد الدين الصدر، نيفين أمين محمود إسماعيل، مصطفى زكى عكاشة محمد طاحون، محمد علاء عبدالباقى محمود على، وماجد إبراهيم محمد الوتيدى). كما شمل هذا القرار إعفاء إثنين من وكلاء جهاز المخابرات العامة لعدم لياقته الصحيه وهم (على محمد خير الدين الدناصورى، وعادل أحمد محمد إسماعيل). ومن ضمن أبرز وأخطر القرارات هو قرار رئيس الجمهورية رقم 406 لسنة 2014، بتخصيص 2300 فدان من طريق إسكندرية مطروح لصالح وزارة الدفاع لإقامة تجمع عمراني سكني لأهالي منطقة الضبعة والعاملين بالمحطة النووية لتوليد الكهرباء، بالإضافة إلى الخدمات اللازمة للمنطقة والمشروعات الأخرى.