أكّد مصدر مصري أنّ المجلس الأعلى للقوات المسلحة المصرية لن يسمح بأن يقوم رئيس الدولة المدنِي باختيار القائد العام للجيش. وقد نقلت صحيفة "المصري اليوم" اليوم الأحد، عن مصدر مقرّب من المجلس العسكري قوله: "إنّ هذا الأمر يمثل معركة الجيش المقبلة والحقيقية عند وضع الدستور؛ لأنه سيحرص على استقلاليته مهما حدث". وأضاف المصدر: "إنّ الجيش المصري سيحافظ على استقلاليته، التي تسمح له باختيار قادته وتنظيم إدارته الداخلية بعيدًا عن مؤسسة الرئاسة المدنية"، مشيرًا إلى أنّ ذلك يمثِّل "قاعدة تَمّ إرساؤها في مصر منذ ثورة يوليو 1952، وساعد في تأكيدها أنّ رؤساء مصر الثلاثة السابقين كانوا عسكريين فلم تكن هناك مشكلة، لكن وجود رئيس مدني يعنِي حماية الجيش من أهواء السياسيين والحكام". ويشار إلى أنّ وضع القوات المسلحة في الدستور الجديد المزمع إعداده عقب الانتخابات النيابية القادمة يُثِير جدلاً منذ أن أرسل المستشار هشام البسطويسي نائب رئيس محكمة النقض وأحد المرشحين المحتملين لرئاسة الجمهورية قبل عدة أشهر مذكرةً للمجلس الأعلى للقوات المسلحة أعلن فيها رؤيته كرجل قضاء لوضع الجيش بالدستور والدولة الجديدة، وحملت الرؤية عنوان (القوات المسلحة ومجلس الدفاع الوطني)، قال فيها: "إن الجيش حامي الدولة المدنية".