ذكرت صحيفة المصري الوم أن المجلس العسكري الذي يدير شئون البلاد منذ الإطاحة بحسني مبارك في 11 فبراير يرفض أن يقوم الرئيس القادم باختيار القائد العام للقوات المسلحة، على عكس ما كان متبعًا منذ تحولت مصر إلى جمهورية في عام 1952، حيث كان الرؤساء المتعاقبون يقومون على اختياره. يأتي ذلك لكونها المرة الأولى التي من المحتمل أن يتم فيها انتخاب رئيس للبلاد من خارج المؤسسة العسكرية التي خرج منها الرؤساء الأربعاء الذين تعاقبوا على حكم مصر منذ الثورة التي قادها "الضباط الأحرار" ضد نظام الحكم الملكي. ونفلت صحيفة "المصري اليوم" في عددها الصادر الأحد عن "مصدر مطلع" أن "المجلس العسكري لن يسمح بأن يقوم رئيس الدولة المدني باختيار القائد العام للقوات المسلحة، وهذا الأمر يمثل معركة الجيش المقبلة والحقيقية عند وضع الدستور، لأنه سيحرص على استقلاليته مهما حدث". وبحسب المصدر الذي وصفته الصحيفة بأنه "مقرب من المجلس العسكري"، فإن "الجيش سيحافظ على استقلاليته، التي تسمح له باختيار قادته، وتنظيم إدارته الداخلية، بعيدًا عن مؤسسة الرئاسة المدنية، مبررًا ذلك الفكر بأنه قاعدة تم إرساؤها في مصر منذ ثورة يوليو 1952، وساعد في تأكيدها أن رؤساء مصر الثلاثة السابقين كانوا عسكريين فلم تكن هناك مشكلة، لكن وجود رئيس مدني يعني حماية الجيش من أهواء السياسيين والحكام". وكان آلاف المصريين تظاهروا الجمعة في إطار ما أسميت جمعة "شكرًا: عودوا لثكناتكم"، في إشارة إلى المجلس العسكري الذي واجه انتقادات متزايدة خلال الفترة الماضية احتجاجًا على أسلوب إدارته وعدم تسليم السلطة للمدنيين حتى بعد مضي نحو عشرة شهور على اندلاع الثورة. وأثار وضع الجيش في الدستور الجديد جدلاً في الشهور الماضية، بعد أن أرسل المستشار هشام البسطويسي - نائب رئيس محكمة النقض وأحد المرشحين المحتملين لرئاسة الجمهورية - مذكرة للمجلس الأعلى للقوات المسلحة أعلن فيها رؤيته كرجل قضاء لوضع الجيش في الدستور والدولة الجديدة، وحملت الرؤية عنوان "القوات المسلحة ومجلس الدفاع الوطني"، قال فيها: إن "الجيش حامي الدولة المدنية". واقترح البسطويسي آنذاك إنشاء مجلس للدفاع الوطني، يتولى رئاسته رئيس الجمهورية، ويختص المجلس دون غيره بالنظر في الميزانية السنوية للقوات المسلحة.
