كشفت مصادر بوزارة الموارد المائية والري، أن ظهور المياه الجوفية على بعد 7أمتار خلال أعمال الحفر لمحور مشروع قناة السويس سيعرقل عمليات الحفر للمشروع الذي طلب الرئيس عبدالفتاح السيسي الانتهاء منه خلال عام. واعتبرت المصادر أن ذلك دليل على عدم دراسة التربة قبل البدء في أعمال الحفر من قبل خبراء مختصين، الأمر الذى سينجم عنه زيادة في تكلفة المشروع تقدر ب 20%، عن طريق وضع ستائر لحماية المشروع من المياه إذا تم معالجته ستزيد إلى 100% في حال عدم معالجته. ويصل إجمالي تكلفة المشروع وفق الجدول الزمني القديم، الذي يستغرق ثلاث سنوات نحو 8.2 مليار دولار، منها 4 مليارات دولار لشق المجرى الملاحي الجديد. وبحسب المصادر التي فضلت عدم نشر اسمها ل" المصريون"، فإن الطريقة التي كان يجب أن تتم بهما عملية الحفر منذ البداية تسمى "تكريك". ومشروع " قناة السويس الجديدة"، وهي عبارة عن ممر ملاحي يحاذي الممر الملاحي الحالي، يمتد بطول 72 كيلو متر، منها 35 كيلومترات حفر جاف، ونحو 37 كيلومتر توسعة وتعميق لأجزاء من المجرى الحالي للقناة، بجانب إنشاء 6 أنفاق لسيناء تمر أسفل القناة. وانتقدت المصادر تكليف الهيئة الهندسية وحدها بتنفيذ المشروع من شأنه، قائلة إن من شأنه أن "يتسبب فى كثير من السلبيات، لعدم مشاركة جميع الأطراف والخبراء في دراسة كافة الأساليب وتقليل السلبيات التي ستنجم عنه فلكل مشروع إيجابياته وسلبياته". وقال الدكتور محمد سعد حسن أستاذ بمعهد كيوتو للتكنولوجيا، إن ظهور المياه المالحة المتسربة من القناة القديمة سيتسبب فى زيادة تكلفة الحفر إلى عشرة أضعاف لأن الحفر بالتكريك يختلف تمامًا عن الحفر على الناشف. وأوضح أنه ستكون هناك مشكلة كبيرة للأراضي بين القناتين لأنه غالبًا سوف تظهر المياه المالحة فيها عند منسوب أعلى عمق أقل من 9 أمتار، لأن التسرب سوف يحدث من القناتين خلال التربة الرملية وهذا معناها لا مباني ولا زراعة ولا صناعة يمكن أقامتها فى الأراضي بين القناتين.