اعتمد وزير الداخلية اللواء محمد إبراهيم خطة الداخلية لتأمين محاكمة "مرسي" وقيادات اخوانية في قضية "الاتحادية" . ويشارك فيها أكثر من ألفى ضابط وفرد شرطة ومجند من مختلف قطاعات الوزارة وأكثر من 30 سيارة مدرعة ومصفحة بمحيط أكاديمية الشرطة لتأمين المحاكمة، وذلك بالتنسيق مع القوات المسلحة التى تقوم بمساعدة الشرطة فى تأمين الجلسة بالدفع بعدد من المدرعات والضباط والجنود لتأمين الجلسة. ويشارك فى عملية تأمين الرئيس المعزول خلال الجلسة عدد من مساعدى وزير الداخلية، منهم اللواء أحمد حلمى مساعد الوزير للأمن واللواء سيد شفيق مساعد الوزير للأمن العام واللواء أشرف عبد الله مساعد الوزير لقطاع الأمن المركزى واللواء خالد ثروت مساعد الوزير للأمن الوطنى واللواء مدحت المنشاوى مساعد الوزير مدير إدارة العمليات الخاصة، واللواء أسامة الصغير مساعد الوزير مدير أمن القاهرة وتشمل الخطة تأمين عملية نقل مرسى من محبسه بسجن برج العرب إلى مقر الأكاديمية والعكس، والتى ستتم بواسطة مروحية وكذلك تأمين خطوط سير المتهمين المحبوسين من محبسهم بمنطقة سجون طرة إلى الأكاديمية، بالإضافة إلى تأمين قاعة المحاكمة من الداخل قبل بدء الجلسة وعقب الانتهاء منها وتقوم الإدارة العامة للمرور بتأمين خط سير المتهمين من سجون طرة إلى مقر الأكاديمية والتنسيق الكامل لمنع وجود أى سيارات على الطريق فى أثناء نقل المتهمين ويشرف اللواء مدحت قريطم مدير الإدارة العامة للمرور على تنفيذ الخطة المرورية وتوفير الطرق البديلة وخطوط السير للطرق التى سيتم إغلاقها حول أكاديمية الشرطة وإعداد محاور بديلة وتغيير بعض المسارات للشوارع والطرق الرئيسية فى أثناء مرور المتهمين على تلك الطرق، وكذلك العمل على منع التكدسات المرورية بالمناطق المؤدية إلى الأكاديمية، خصوصا مدينة نصر والطريق الدائرى.