أثارت مشاركة جماعة الإخوان المسلمين بالبرلمان الشعبى الموازى «خلافا بين أعضاء الكتلة البرلمانية بمجلس الشعب السابق، ففى الوقت الذى رحب فيه محمد سعد الكتاتنى عضو مكتب إرشاد الجماعة ونائبها السابق عن دائرة المنيا بالمشاركة، رفضها صبرى خلف الله نائب الجماعة السابق بالإسماعيلية». الكتاتنى أعلن عن فتح مقار الإخوان بالمحافظات لجمعية التغيير لممارسة أنشطتها بها، مؤكدا انضمام الجماعة للبرلمان الموازى. وأشار الكتاتنى إلى أن الإخوان يؤيدون فكرة البرلمان الموازى ليضم نخبة من محبى الإصلاح، قائلا إن «التغيير لن يتم بيد واحدة ولا بد من فضح النظام والفساد الذى استشرى فى ربوع مصر، وفضح الممارسات التى أفسدت العملية الانتخابية الأخيرة والتى فرغت مجلس الشعب من المعارضة الحقيقية لتنفيذ مخطط بعينه». من جهته رفض صبرى خلف الله نائب الإخوان عن الإسماعيلية المشاركة فى البرلمان الموازى. وقال «لن أشارك فى هذا البرلمان حال إقامته، احتراما لمؤسسات الدولة والبرلمان الحالى حتى لو جاء بطرق غير شرعية». وأضاف خلف الله «بالرغم من اتفاقى مع الأسباب التى دفعت المعارضة لدراسة فكرة البرلمان الموازى وأهمها الانتهاكات التى وقعت فى الانتخابات الأخيرة الا أننى أخالف الفكرة». وطالب خلف الله بالاستفادة مما حدث فى الانتخابات بالسعى على تعميق فكرة المشاركة الانتخابية لدى المواطنين والوقوف أمام الانتهاكات والتجاوزات بشتى الطرق المشروعة وقال «نريد انتخابات حرة وديمقراطية حقيقية وبرلمانا نحترمه أفضل من برلمان مواز لا تنفذ توصياته». أما محسن راضى نائب الإخوان السابق عن دائرة بنها فقال «تجرى حاليا الترتيبات النهائية للخروج بالشكل المطلوب للبرلمان الموازى حيث تم الاتفاق أن يشمل المجلس الجديد تمثيلا نوعيا ومكانيا وسياسيا على أن يضم جميع القوى السياسية والتخصصات النوعية لتغطية تشكيلات لجان المجلس ال19 المزمع تشكيلها». وأوضح راضى انه تم الاتفاق على أن يكون هناك تمثيل للمحافظات، مضيفا أنه ستتم الدعوة لمختلف القوى السياسية والمرشحين المستقلين الذين لم يحالفهم الحظ فى الانتخابات الماضية بسبب التزوير لعمل اجتماعات لبحث المزيد من الأفكار والرؤى والاتفاق على أسلوب إدارة المجلس الموازى. يأتى هذا فى الوقت الذى أكد فيه محمد البلتاجى عضو الكتلة البرلمانية للإخوان بالبرلمان السابق على أن موقفى الجماعة الرسمى والفعلى مع تكوين هذا الكيان مشيرا إلى أنه يحضر جميع الاجتماعات التحضيرية له ممثلا عن الجماعة. وأوضح البلتاجى أن جميع القوى السياسية المشاركة فى التحضير لهذا الكيان ترفض تسميته بالبرلمان الموازى، لعدة أسباب منها ما هو سياسى. ونفى البلتاجى بشكل قاطع ما نشر على لسان الكتاتنى بأن الإخوان يرفضون الفكرة، مشددا على أن الخلاف على المسمى فقط.