أكدت المنظمة المصرية لحقوق الإنسان أهمية المحاكمة العادلة والمنصفة لكل المواطنين على قدم المساواة بصرف النظر عن الدين أو الجنس أو اللون أو المعتقد أو الانتماء السياسي، وأن هذا الحق يحب أن يطبق بكل الضمانات على رموز جماعة الإخوان المسلمين وأن يتمتعوا بهذا الحق لكونهم أبناء لهذا الوطن وجزءًا من نسيجه السياسي والاجتماعي. وطالبت المنظمة في بيان لها السلطات المختصة بضمان الحقوق القانونية للمتهمين وهم خيرت الشاطر، ومهدي عاكف، وسعد الكتاتني، ورشاد بيومي، ومحمد العمدة، وحلمي الجزار، وعبد المنعم عبد المقصود، وآخرون. وكانت النيابة العامة قد أصدرت مجموعة من القرارات في أعقاب ثورة 30 يونيه بوضع مجموعة من قيادات جماعة الإخوان المسلمين على قائمة الممنوعين من السفر، ثم تلا ذلك صدور قرارات بحبس بعض القيادات بسبب اتهامات بالتحريض على العنف في البلاد والتي وصلت إلى حبس سبعة قيادات من جماعة الإخوان المسلمين، وآخرين من المنتمين إليها والموالين لها، فضلا عن أوامر الضبط والإحضار التي لم تنفذ حتى الآن. فقد ألقت أجهزة الأمن القبض على كل من السيد سعد الكتاتني رئيس مجلس الشعب السابق والسيد رشاد البيومي عضو مكتب الإرشاد بتهمة التحريض على قتل المتظاهرين أمام مكتب الإرشاد بالمقطم وصدر في حقهم قرار بالحبس لمدة خمسة عشر يومًا، ثم تم القبض على السيد مهدي عاكف برفقة أربعة من حراسة والذين يحملون 4 قطع أسلحة نارية غير مرخصة، وقد صدر قرار بحبسه خمسة عشر يومًا، كما أمرت نيابة جنوبالقاهرة بضبط وإحضار محمد البلتاجي وصفوت حجازي وعصام العريان، بتهم التحريض على قتل المتظاهرين خلال أحداث مقر مكتب الإرشاد في المقطم أيضًا. كما ألقت أجهزة الأمن القبض على 6 مسلحين ينتمون لجماعة الإخوان المسلمين أسفل منزل المرشد العام الدكتور محمد بديع بالتجمع الخامس، وكان بحوزتهم أسلحة نارية وبيضاء عبارة عن فرد خرطوش و15 طلقة خرطوش وطبنجة بلي و3 عصا ودروع واقية وساطور و2 شومة، وقد اعترفوا بأنهم قدموا لتأمين الفيلا، فضلا عن هذا فقد قرر النائب العام منع العديد من قيادات الإخوان المسلمين ورموز النظام السابق من مغادرة البلاد ومنهم (عصام الحداد مساعد مرسي للشئون الخارجية، وباكينام الشرقاوي مساعدته للشئون السياسية، وهشام قنديل رئيس مجلس الوزراء، وأحمد عبد العاطى، مدير مكتب الرئيس السابق، ومحمد البلتاجي أمين عام حزب الحرية والعدالة الحاكم سابقا، وحلمي الجزار، أمين الحرية والعدالة بمحافظة الجيزة، وصفوت حجازي، وصبحي صالح وعصام العريان القياديين بالجماعة، وسعد الحسيني محافظ كفر الشيخ المستقيل القيادي بالجماعة، وعبد الرحمن البر مفتي الجماعة، وأبو العلا ماضي رئيس حزب الوسط، وعصام سلطان نائب رئيس حزب الوسط، وعاصم عبد الماجد القيادي بالجماعة الإسلامية). ومن جانبه أكد حافظ أبو سعدة، ضرورة توفير كل الضمانات الخاصة بالمحاكمة العادلة والمنصفة لهذا الحق المكفول في كل المواثيق والاتفاقيات الدولية المعنية لحقوق الإنسان، وهو هذا الحق الذي يقوم على أسس العدالة القانونية بعيدًا عن الانتقام بسبب الاختلاف السياسي. وأوضح أبو سعدة أن ثورة الخامس والعشرين من يناير لعام 2011 قامت بالأساس من أجل إرساء العدل الذي هو من أسمي الحقوق التي تسعي البشرية إلى تحقيقها فإذا اختل ميزان العدل في مفهوم الناس يختل معه كل المفاهيم والحقوق الإنسانية، فلذلك يجب أن تسير هذه الثورة الباسلة على هذا المنوال في المساواة في إقامة العدل والحق في محاكمة منصفة.