أكدت منظمة هيومن رايتس ووتش إن إدانة محكمة جنايات القاهرة ل43 موظفاً بمنظمات غير حكومية في 4 يونيو 2013 ينتهك الحق في حرية التنظيم للمجتمع الأهلي و يستند أحكام الإدانة إلى قانون قمعي ينظم الجمعيات ومواد قانون العقوبات التي لا تتفق مع احترام الحقوق الأساسية. و قالت سارة ليا ويتسن، المديرة التنفيذية لقسم الشرق الأوسط بهيومن رايتس: “هذه إدانات ظالمة تستند إلى قانون ظالم، وما كان ينبغي توجيه الاتهام إلى هؤلاء العاملين في منظمات مستقلة من الأساس لكن ما يبعث على الإحباط بوجه خاص هو أن مشروع القانون الجديد الذي اقترحته الرئاسة يعكس نفس الريبة في الجمعيات المستقلة التي كانت القوة الدافعة وراء المحاكمة” وفقا لما ذكرت وكالة "اونا". وشددت المنظمة في بيان لها اليوم أن الحكم يتنهك حقوقاً أساسية يكفلها القانون الدولي كما ينتهك سيادة القانون، مضيفة أن العاملون المصريون والأجانب في تلك المنظمات غير الحكومية دفعوا ثمن الخلاف السياسي بين الحكومتين المصرية والأمريكية. وأضافت ويتسن: "إذا رغب الرئيس مرسي في أن ينأى بنفسه عن ميراث هذه المحاكمة ذات الدوافع السياسية فعليه أن يعدل مشروع قانون الجمعيات الأهلية الجديد بما يتفق والمعايير الدولية، بدلاً من التعجل في إصدار قانون يسمح للحكومة بالسيطرة على الجمعيات المستقلة وعرقلتها". جدير بالذكر أن المحكمة حكمت على خمسة من الموظفين بالسجن لمدة سنتين، وعلى 11 آخرين بالسجن لمدة سنة مع إيقاف التنفيذ. من بين المحكوم عليهم بالسجن لمدة سنتين يحيى غانم وشريف منصور ومحمد عبد العزيز المصريين، وروبرت بيكر الأمريكي وكريستينة بادة الألمانية. علاوة على هؤلاء، حوكم 27 متهماً آخرين غيابياً وحكمت عليهم المحكمة بالسجن لمدة 5 سنوات، وهي إدانة تلقائية تنبع من تخلفهم عن حضور المحاكمة.