استبعد خبراء أمنيون وجود أزمة بين الجيش المصري ومؤسسة الرئاسة على خلفية أحداث رفح الأخيرة والتي ذكرت تقارير أمنية وصحفية تورط كتائب القسام فيها. ونفى الخبير العسكرى قدرى السعيد، الحديث عن توتر قائم بين الجيش ومؤسسة الرئاسة على خلفية نتيجة التحقيقات التى نشرتها بعض وسائل الإعلام، والتى تؤكد تورط عناصر من كتائب القسام التابعة لحركة المقاومة الإسلامية حماس في قطاع غزة في مقتل الجنود المصريين في رفح أواخر العام المنصرم. وأكد سعيد أن السيسي والقيادة الحالية للجيش المصري على علاقة قوية وحميمة مع الرئيس محمد مرسي خاصة بعد الإطاحة بالمشير طنطاوى والفريق عنان والتى خلقت مناخًا جديدًا فى العلاقة بين الجانبين. وأشار الخبير العسكرى إلى أن الخلفية الفكرية التى تجمع بين حماس كمقاومة وجماعة الإخوان المسلمين كتنظيم هى التى تتم الإشارة إليها دومًا على أنها وشيكة الصلة بما يحدث في القطاع وما تقوم به حماس من أفعال، مشددًا في الوقت ذاته على استبعاد اتساع الشقة بين الجيش ومؤسسة الرئاسة بسبب فصيل فلسطينى من خارج تراب مصر. وندد سعيد بالقيادات السابقة للجيش المصري والتى لم تكشف حقيقة الجريمة ومدبريها وعدد القتلى بخلاف ما تم تقديمه عبر وسائل الإعلام. ومن جهته، قال محمد حسن، عضو الهيئة العليا بحزب الحرية والعدالة، إنه علينا أن نفكر أولاً فى المستفيد مما حدث، فحركة حماس لن تستفيد إذا تم هدم الأنفاق وقطع التجارة معهم، موضحًا أن مصر هى "رئة غزة الوحيدة". وذكر حسن أيضًا أن التحقيقات مازالت جارية وأن كتائب القسام نفت ما نسب إليها، مشيرًا إلى أنه لو ثبت صحة ما نسب لهم عن تورطهم فى حادث قتل الجنود المصريين فإن أمن مصر القومى يكون فوق كل اعتبار. كما أضاف أيضًا أنه لو ثبت صحة هذه الاتهامات فلن تحدث أى أزمة بين مؤسسة الرئاسة والقوات المسلحة المصرية، لأن الرئيس محمد مرسى هدفه الأول أمن مصر القومى وألا يتم إهدار دم وكرامة المصريين، كما أن الجيش والرئاسة شىء واحد لن يحدث بينهما خلاف، وكلاهما هدفه الأول هو أمن واستقرار الوطن والمواطنين. وفى سياق متصل، قال مجدى حسين رئيس حزب العمل، إن الكلام عن تورط كتائب القسام فيما حدث من قتل الجنود المصريين فى رفح هو أكاذيب لا دليل عليها ، فمن غير المعقول أن يُكتب صحفيًا هذا الكلام دون دليل ويتم تداوله فى وسائل الإعلام على أنه حقيقة أكيدة. كما اتهم حسين الإعلام بأنه يروج كلامًا لا دليل عليه وأنه يسير على نهج إعلام نظام مبارك. وأضاف أيضًا أن القوات المسلحة المصرية تعلم أن المتورطين فى هذا الحادث هم من الموساد الإسرائيلى، مشيرًا إلى استحالة حدوث أزمة بين الرئاسة والجيش بسبب هذا الموضوع.