كشف الشيخ جعفر عبد الله علي، رئيس قطاع المعاهد الأزهرية، والوفد المرافق له عن مخالفات جسيمة في بعض معاهد منطقة سوهاج الأزهرية في يومه الأول من الزيارة للمحافظة. وتتمثل المخالفات في وجود الكتب الخارجية في يد المدرس والطالب، وهو ما لفت نظره أثناء الزيارة، إذ شدد على أن الامتحانات تأتي من كتاب الوزارة وليس من الكتاب الخارجي؛ لأن كثيرًا من الكتب الخارجية مليئة بالأخطاء وكثير من جزئياتها خارج المنهج. كما تم الكشف عن مخالفة تتعلق بمن تم التعاقد معهم عن طريق مكافأة شاملة، ويقترب عددهم من الخمسمائة في مختلف التخصصات، والتي يشوبها الفساد والمخالفات القانونية، فقام بمتابعة هذه المخالفات للوصول إلى المتسببين فيها ومجازاتهم حسب اللوائح والقوانين، بحسب بيان أصدره المكتب الإعلامي لمشيخة الأزهر. وكشف أنه في الوقت الذي توجد فيه شكوى من أن هناك عجزًا في المدرسين في مختلف التخصصات، توجد في بعض المعاهد 78 وكيلة، كمعهد فتيات سوهاج فبعضهن بلا جدول وبعضهن تعمل بجدول مخفف، وهذا لا ينطبق على معهد سوهاج فقط، وإنما ينطبق على خمسة معاهد في منطقة سوهاج أيضًا، مما يتطلب حسن التوزيع للعمالة القائمة،. كما اكتشف رئيس قطاع المعاهد الأزهرية أن الموجهين بالمنطقة لا يتواجدون بصفة دائمة في المعاهد، ومعروف أن قطاع المعاهد الأزهرية طالَب بوجود الموجِّه في المعهد طوال اليوم الدراسي، إلا أنَّ الموجهين لا يأبهون لذلك، وقد أحال فضيلة الشيخ جعفر كل مَن تقاعس عن أداء عمله إلى التحقيق.