لم ينه تأجيل المجلس الأعلى للصحافة لحركة التغييرات ، التي كان من المتوقع أن تطال معظم قيادات المؤسسات الصحفية القومية ، الصراع دخل أروقتها ، حيث لازالت الحرب مشتعلة بين الأجنحة المختلفة داخل هذه المؤسسات عامة والأهرام خاصة . وعلمت " المصريون" من مصادر داخل مؤسسة الأهرام أن الدكتور عبد المنعم سعيد مدير مركز الدراسات السياسية والاستراتيجية بالأهرام هدد بتقديم استقالته إذا تم اختيار الدكتور عمرو عبد السميع لرئاسة تحرير الجريدة ولم يكتف بذلك بل أنه يقوم حالياً بجمع توقيعات من العاملين داخل المؤسسة على مذكرة تعترض على "المسلك الشخصي" لعبد السميع وعدم جدارته يمثل هذا المنصب ، وانه يعتزم تقديم المذكرة لرئاسة الجمهورية. اعتراضات الدكتور سعيد لم تكن وحيدة ، بل شاركه فيها الدكتور محمد السيد سعيد الذي يعتقد على نطاق واسع وقوفه وراء البيان الذي يوزع داخل المؤسسة اعتراضاً على احتمال تولي عبد السميع رئاسة التحرير ، مشيراً إلى تدمير المؤسسة وإفقادها مصداقيتها أمام الجميع. وشدد البيان على ضرورة أن يتمتع رئيس التحرير المقبل للأهرام بأفضل الخصال الإنسانية والقيادية وبقدرات فكرية ومهنية كبيرة تؤهله لقيادة هذا الصرح العملاق إضافة إلى وجوب تمتعه بالاعتدال السياسي حتى يتسنى له وضع سياسة تحريرية تترجم هوية المؤسسة كصحيفة قومية جامعة كل الاتجاهات وهو ما فهم منه قدحا في كفاءة الدكتور عبد السميع وصفاته الشخصية بعد تردد شائعات عن تورطه في فضيحة أخلاقية أثناء توليه منصب مدير مكتب الأهرام في واشنطن. من جهة أخرى عقد التيار الموالي لإبراهيم نافع اجتماعاً طويلاً ناقش فيه احتمالات التغيير في المؤسسة واجمع كل من حضر هذا الاجتماع على توجيه مناشدة للسلطات المختصة بضرورة استمرار نافع في هذه الفترة حفاظاً على استقرار المؤسسة ومنعا لحدوث أي اضطرابات تؤثر على وضعها. وقد شددت مصادر مطلعة داخل الأهرام على أن التربيطات التي حدثت بين عدة تيارات في المؤسسة قد أتت أكلها ونجحت حرب تكسير العظام في إضعاف فرص عبد السميع تماماً في تولي منصب رئيس تحرير الأهرام وزادت من فرص موالين لنافع لخلافته مع احتفاظه برئاسة مجلس الإدارة وهو الاتجاه الأوضح إلى الآن داخل الأهرام.