انتقدت قيادات بجماعة الإخوان المسلمين اتهامات الفريق أحمد شفيق خلال لقائه بشبكة "سى إن إن" الأمريكية، للنظام بالتسرع فى التحقيق بشأن البلاغات الموجهة ضده وضاحى خلفان بالتآمر على قلب نظام الحكم، معتبرين أن ظهوره المستمر فى وسائل الإعلام الغربية ليس عفويًا وإنما بمساندة دولة الإمارات بهدف نقل صورة غير حقيقية للعالم. واعتبر أحمد أبو بركة، المستشار القانونى لحزب الحرية والعدالة، أن ظهور شفيق بكثافة مؤخراً فى وسائل الإعلام الغربية وتوزيع الاتهامات هنا أو هناك ليس عفوياً وربما ساعده فى هذا علاقته بضاحى خلفان والإمارات. كما أشار إلى أن شفيق يحاول إظهار القضايا الموجهة ضده على أنها "مسيسة"، كنوع من الهروب من العدالة، مشيرًا إلى أن مكان شفيق الآن هو الحبس الاحتياطى على ذمة قضايا فساد مالى بعد أن كان المجلس العسكرى يحميه ولم يقدمه للمحاكمة. وقال الدكتور محمد عبدالغنى، عضو اللجنة العليا لحزب الحرية والعدالة، إن الأمر ملتبس لدى شفيق فالأمر لا علاقة له بتسرع النظام أو تشدده ولكن بالنيابة والقضاء، مشيراً إلى أن البلاغات المقدمة ضد شفيق معروضة على القضاء وأن النيابة هى التى اتخذت إجراءاتها وطلبت انتداب قاض للتحقيق. وأكد عبد الغنى أن من حق أى أحد اللجوء للنيابة وتقديم بلاغات، مشددًا على أنه لا سلطة ولا تدخل لأحد فى عمل العدالة، نافياً بأن يكون هناك علاقة بين تعيين الرئيس للنائب العام وسرعة انتداب قاضٍ للتحقيق. وأشار عبد الغنى إلى أن القضاء هو الذى سيحدد إن كان لشفيق دور فى تحريك المظاهرات الرامية لقلب نظام الحكم أم لا وليس الرئاسة أو الحكومة.