مشكلات وتحديات كبيرة تواجهها حكومة هشام قنديل والأجهزة الرقابية علي رأسها المركزي للمحاسبات حيث ثبت بالأدلة بعد اندلاع شرارة الثورة أن هناك مؤسسات أشرفت علي رعاية الفساد قبل الثورة وحمت الفاسدين، فالجهاز المركزى للمحاسبات بالنيابة العامة أيضا أثير حوله الكثير من علامات الاستفهام، حول أدائه وأداء الدكتور جودت الملط الرئيس السابق للجهاز والذى انتهت فترة رئاسته فى التاسع من شهر أكتوبر 2011. ومن أبرز الملفات المسكوت عنها داخل الجهاز ويواجهها المستشار هشام جنينه رئيس الجهاز الأعلى للرقابة على المال العام فى مصر، نتيجة سنوات من التهميش مارسها النظام السابق على الجهاز ورؤسائه السابقين، هي تفعيل الرقابة على وزارة الداخلية وفحص كافة الصناديق الخاصة الموجودة بها التي تزيد على 60 صندوقا، بها أموال طائلة تصل إلى 3 مليارات جنيها، إلى جانب مخصصات مديريات الأمن فى المحافظات المختلفة، وكشوف البركة من الوزارات والهيئات للداخلية، وكذلك المصروفات السرية التي يستخدمها جهاز الأمن الوطني، فى الإجراءات الخاصة بالتحري والبحث. فلقد كشفت عدة بلاغات تقدم بها المحاسب إبراهيم الشحات محمد جبل رئيس مجموعة مراجعة بالجهاز المركزى للمحاسبات للنائب العام تحت رقم 8664 -2011 ولم يتم التحقيق فيها حتي الآن، منها تعطيل رقابة المركزي للمحاسبات على ديوان وزارة الداخلية وعلى أغلب حساباتها العامة وموازنتها الاستثمارية التي تزيد على مبلغ 2 مليار جنيه سنويا ومن أمثلة المخالفات القانونية التي رصدها البلاغ قصر الرقابة على ديوان وزارة الداخلية منذ تولي الملط رئاسة الجهاز على محاسبة واحدة فقط بالمخالفة للمعمول به فى الجهاز حيث تولت الرقابة على ديوان الوزارة منذ أن كانت تشغل وظيفة مراجع حسابات واستمرت حتى الآن بدرجة مدير عام فى حين ان ديوان وزارة الداخلية إيراداته ومصروفاته السنوية أكثر من 4 مليار جنيه ، دون مشاركة أو إشراف من رئيس شعبة ولا مراقب ولا مفتش فى حين أن بعض إدارات الخدمات كالطب البيطري والزراعة يراقبها بكل محافظة ما لا يقل عن 6 من أعضاء مدير عام ورئيس شعبة ومفتشين فلا تستطيع موظفة واحدة الرقابة على أعمال ومشتريات وزارة الداخلية بكل محافظات مصر ، فى قطاعات مديريات الأمن ، مصلحة السجون ، الأحوال المدنية ، الجوازات ، وغيرها وأغلبها أعمال ومشتريات بالأمر المباشر بالمخالفة لقانون المناقصات والمزايدات رقم 89 لسنة 1998 ولائحته التنفيذية والغريب أن وزير الداخلية الأسبق حبيب العادلي المسجون حاليا بتهم متعلقة بالفسادو التربح من وظيفته لم يتم حتى الآن لجنة لفحص أعمال وزارة الداخلية اثناء تولي العادلي منصبه و حصر المبالغ التى حصل عليها دون وجه حق والتى كون منها ثرواته الضخمة. وبما أن فترة رئاسة الملط للجهاز بلغت 12 عاما لم يتم خلالها رقابة فعالة يعتد بها على إيرادات ومصروفات ديوان وزارة الداخلية التى تزيد عن 60 مليار جنيه وكشف البلاغ أيضا عن مخالفات زادت قيمتها عن 700 مليون جنيه وذلك بعمل حساب خاص بفائدة خارج البنك المركزى للمركبات وصرف مكافات وحوافز منه بالمخالفة لاحكام قانون الجهاز فقامت وزارة الداخلية بفتح حسابين بفائدة بكل من البنك الاهلى برقم 909/57/1 وبنك مصر برقم 5/00/136469/37/101 وخاطبت إدارات المرور بسداد قيمة تأمينات لوحات السيارات فيها وذلك لاستخدام الفائدة فى تطوير الوسائل والاجهزة والمعدات بادارات واقسام المرور وصرف حوافز للعاملين، وذلك وفقا لما رأه العادلي وذلك بالمخالفة للتعليمات التى تقضى بعدم جواز فتح حساب خاص الا بقرارات من رئيس الجمهوريه وتقضى بضرورة ايداع كل الايرادات فى الموازنة العامة وصرف كل المصروفات من الموازنة العامة كما لم يوضح اى ضوابط للصرف دون اية رقابة على ذلك وتقدر المبالغ التى اودعت بالحساب وصرفت منه حتى الآن بما يزيد عن 700 مليون جنيه . وفي عام 2006 صدر القانون رقم 139 لسنه 2006 وقضى بغلق الحسابات المفتوحة خارج البنك المركزى والغاء كل الموفقات السابقة لوزير المالية الخاصة بفتح حسابات خارج البنك المركزي، ونظرا لان هذين الحسابين يتم صرف حوافز ضخمة منها لكبار قيادات وزارة الداخلية ، لذا كانت هناك تعليمات شفهيه بإضافة بعض المبالغ التي تخص الموازنة العامة فى هذين الحسابين وهى المبالغ المصادرة لصالح موازنات المحافظات وقد حصرت منها مبالغ 17423348 جنيه ضمنتها فى تقرير الجهاز رقم 11 فى 9/1/2009 ( مرفق رقم 2 ) لكن الوزارة رفضت رد المبلغ ،كما رفضت رد كامل مبلغ تامين اللوحات المسدد لها من محافظة الغربيه والذى تقدر بنحو 50 مليون جنيه وهذه المبالغ واجبة التعلية بحسابات ديوان عام المحافظة ليتم تسويتها الى ايرادات المحافظة عند تحقق حالة من الحالات التى حددها قانون المرور ولائحتة التنفيذية او ردها لأصحابها فى حالة رد اللوحات ، فهى ملك لأصحابها ولا يجوز الصرف منها . كشف رقابيون ضد الفساد أيضا عن منع الرقابة على الصناديق الخاصة بوزارة الداخلية خلال 12 عام والتى تزيد ايراداتها ومصروفاتها عن 120 مليار خلال فترة تولى الملط رئاسة الجهاز وذلك بإصداره تعليمات شفهية بعدم كتابة تقارير تتعلق بالوزراء وكبار المسئولين بعد العرض عليه او بعدم فحص جهات معينة ، منها اغلب صناديق وزارة الداخلية الامر الذى سهل لكبار قيادات وزارة الداخليه الاستيلاء على المال العام ،ويمثل تسترا على ذلك ، الأمر الذى شجع وزارة الداخلية على فرض رسوم عديدة وتجنيبها فى صناديق خاصة وصرف أغلبها كحوافز أو مكافات بالمخالفة للقوانين واللوائح ، مما ضيع هذة المبالغ على الموازنة العامة للدوله وتفصيلها كالتالي ومنها تصريحات الملط لإحدي الصحف الأسبوعية ردا على مطالبات رابطة (رقابيون ضد الفساد ) بفحص الصناديق الخاصة بوزارة الداخليه بان الوزارة بها عدد خمس صناديق ايراداتها واستخداماتها عن العام المالى 2009/2010 وهي صندوق مشروعات اراضى وزارة الداخلية ايراداتة 568 مليون جنيه واستخداماته 384 مليون جنيه ،صندوق تحسين الرعاية الاجتماعية والصحية لضباط الشرطة وأسرهم إيراداته 1.702 مليار جنيه واستخداماته 1.144 مليار جنيه ،صندوق تطوير نظام الأحوال المدنية ايراداتة 368مليون جنيه واستخداماته 165 مليون جنيه ،صندوق تصنيع السجون ايراداتة 36 مليون جنيه واستخداماته 25 مليون جنيه ،صندوق تحسين الخدمة بمستشفى الشرطة وإيراداته 353 مليون جنيه واستخداماته 338 مليون جنيه . واغفل الملط باقي الصناديق والتي تزيد على 38 صندوق منها صندوق التأمين الخاص لضباط الشرطة والذي يتبعة مطابع الشرطة وغيرها ،صندوق الولاء لضباط الأمن المركزي والذي يتبعه مخابز الشرطة ، والتى يعمل بها جنود يقضون الخدمة وتتحمل الدوله مخصصاتهم وأعباؤهم ،صناديق المرور والتي يودع بها اغلب متحصلات المرور ،شركة الفتح التى تقوم بأعمال وتوريدات وزارة الداخلية بالأمر المباشر ،مركز صيانة السيارات بطريق مصر اسكندريه الصحراوي ،والذي يعمل به أيضا مجندون وغيرهم من افراد الشرطة .