أكد عدد من علماء الأزهر أن كلاً من الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر، والدكتور على جمعة مفتى الديار المصرية، باقون فى مناصبهم بحكم القانون الجديد والذى يحصن مناصبهم، وأعلنوا عن تأييد مجمع البحوث الإسلامية للطيب وجمعة للبقاء فى مناصبهم، وأشاروا إلى أن مستقبل الأزهر فى المرحلة المقبلة بعد فوز الدكتور محمد مرسى برئاسة الجمهورية سيظل متمسكًا برصيده الدينى والحضارى على أن يتسم بوسطية الإسلام. الدكتور عبد المعطى بيومى عضو مجمع البحوث الإسلامية توقع أن يبقى كل من مفتى الديار المصرية وشيخ الأزهر فى مناصبهم وفقًا للقانون بعد فوز مرسى بالرئاسة، مشيرًا إلى أن القانون الجديد يحمى بقاء منصب شيخ الأزهر لما بعد عمر طويل ثم يتم بعد ذلك اختيار بالانتخاب أحد أعضاء هيئة كبار علماء الأزهر. وأشار بيومى أيضًا إلى أن مفتى الديار المصرية سيبقى فى منصبه كما هو, كما أنه سيتم التجديد له لمدة عام, وسيختار أحد أعضائه من هيئة كبار علماء الأزهر مستبعدًا طرح أى أسماء لخلافة المفتى فى منصبه. وأكد أيضًا أن مستقبل الأزهر الشريف سيكون أفضل مما كان عليه فى ظل النظام السابق، خاصة أنه مؤسسة مستقلة وستكون أكثر استقلالاً خلال المرحلة المقبلة، نافيًا سيطرة أى فصيل سياسى معين على المؤسسات الدينية. ومن جانبه، قال الدكتور محمد الشحات الجندى الأمين العام للمجلس الأعلى للشئون الإسلامية إن الطيب هو رجل هذه المرحلة، خاصة أنه لديه القدرة على إعادة دور الأزهر وبالتالى فنحن لسنا فى حاجة إلى تغيير لمجرد التغيير. وأشار الجندى إلى أن مجمع البحوث الإسلامية يعلن تأييده للطيب للبقاء فى منصبه، خاصة فى ظل التمسك بالرصيد الدينى والحضارى لمؤسسة الأزهر، والتى اتسمت بوسطية الإسلام وفى ظل أن الأزهر ليس له أجندة سياسية. وأوضح أن الدكتور على جمعة سيظل فى منصبه لحين انتهاء مدته بعد التجديد له، وبعد ذلك سيتم طرح أسماء أخرى لخلافة منصبه، خاصة أن الأزهر لديه من الكفاءات ما يصلح لهذا المنصب.