استبعد محللون سياسيون أن يفوز الفريق أحمد شفيق بمنصب الرئيس فى جولة الإعادة، حتى مع احتفاظه بالأصوات التى دعمته فى الجولة الأولى من الانتخابات، من خلال حصوله على دعم الأقباط له والتصويت الجماعى بناء على تعليمات كنسية، محملين مرشحى الثورة والإسلاميين المسئولية عن صعوده المفاجئ، لأنه لو كان هناك توافق منذ البداية على مرشح يمثل الثورة والإسلاميين مثل الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح لحسم الانتخابات لصالحه من الجولة الأولى. وقال الدكتور نبيل عبد الفتاح، الخبير بمركز الدراسات الإستراتيجية ب "الأهرام"، إن أغلبية الأصوات كانت لمرشحى الثورة، لكنها تعرضت للتفتيت، معتقدًا أن هذه النتيجة غير طبيعية إطلاقًا، ملمحًا إلى تزوير لصالحه من خلال تكرار الأصوات، بالإضافة إلى وجود أصوات غير حقيقية جاءت عن طريق تصويت مجموعة كبيرة من رجال الشرطة والجيش الذين أدلوا بأصواتهم بالمخالفة للقانون. وأضاف: شفيق حصل على أكثر من 5 ملايين صوت، أغلبهم من الأقباط الذين يصوتون منذ عقود طويلة للحزب الوطنى، وهم أيضاً مَن انتخبوا الفلول فى انتخابات مجلس الشعب، وبالتالى مهمتنا الآن أن نُخرِجهم من هذه الحالة الطائفية، ونحاول إقناعهم بالتوقف عن التصويت ضد الحركة الإسلامية. وأوضح أن الأقباط بحاجة للوقت لكى يتأكدوا أن التيار الإسلامى سيحقق لهم مطالبهم، ولا يُشعرِهم بالطائفية. وقال الدكتور سامح راشد، الخبير بمركز الدراسات السياسية والإستراتيجية ب "الأهرام" إن صعود شفيق جاء على خلاف التوقعات بأن تكون هناك إعادة بين مرسى وحمدين صباحى أو أبو الفتوح، ولكن ما حدث من تدخُّلات فى الساعات الأخيرة فى الانتخابات من حشد وشراء أصوات لصالح شفيق هو ما قلب الموازين. وأضاف أن المجلس العسكرى والمصالح الحكومية والمصانع الحربية قاموا بشحن الموظفين للتصويت لشفيق، وبالفعل لم يكن هناك تزوير فى الأوراق بنسبة كبيرة، ولكن الذى حدث هو توجيه الناخبين، مثلما حدث فى الانتخابات البرلمانية والاستفتاء، مؤكدًا أنه لو اتفقت القوى الإسلامية والثورية على مرشح واحد لتم حسم الانتخابات من الجولة الأولى.