وفاه البابا شنودة قبل الأنتخابات الرئاسية مباشرة مع صعود الإخوان المسلميين والسلفيين إلي الحياه السياسية بمصر والمخاوف التي تسيطر علي الأقباط خاصة وان الباب شنودة كان يمثل حائط الصد في العديد من الأزمات والفتن الطائفية التي وقعت علي مدار الأربعة عقود الماضية جعلت الخريطة السياسية لمرشحي الرئاسة تتغير كثيراً في ظل وجود عدد من مرشحي الرئاسة ينتموتن إلي التيار الإسلامي مثل د. سليم العوا والشيخ حازم صلاح أبو أسماعيل ود. عبد المنعم أبو الفتوح القيادي السابق في جماعه الإخوان المسلميين فيما كشفت مصادر خاصة أن هناك لقاءات جمعت بين الفريق أحمد شفيق المرشح المحتمل للرئاسة وعدد من قيادات الكنيسة منذ فترة وكان علي رأس هذه القاءات لقاء شفيق مع عدد من شباب الكنيسة من أجل التأكيد علي دعم الكنيسةوشبابها لشفيق وجمع التوقيعات والتوكيلات لصالحه ودعمه في الأنتخابات الرئاسية وتأتي تحركات الأقباط وتعدد هذه القاءات مع عدد من القيادات بالكنيسة بالإضافة الي تحركات شفيق ولقائه مع العديد من شباب الأقباط في عدة محافظات من بينها لقاءات بعدد من شباب الأقباط بمحافظة الغربية برعاية الهيئة الربلمانية بحزب الوفد بطنطا بالأضافة الي زيارة وفود شبابية من الكنيسة لشفيق في منزله . وأضافت المصادر أن البابا شنودة قبل وفاته مباشرة قد طلب رؤية ولقاء المرشح المحتمل للرئاسة أحمد شفيق والتحدث معه خاصه وان البابا كان يري شفيق هو المرشح الذي من الممكن أن يحافظ علي حقوق الأقباط بمصر في ظل الأحداث الأخيرة سواء في كنيسة سول بأطفيح أو أحداقث ماسبيرو الأخيرة وفي المقابل كان كلامه وحديثه مع قيادات الكنيسة يؤكد فيه دعمه إلي الأستقرار وتحقيق الأمن والأمان مشيراً الي أنها ستكون أول الملفات التي سيسعي لتحقيقها في حالة فوزه وتوليه رئاسة مصر بالأضافه ألي ضمانه حقوق الأقباط وعدم المساس بهم . من جانبه قال د. عمر هاشم الخبير السياسي بمركز الأهرام للدراسات السياسية :إن وفاه البابا شنودة في هذا التوقيت قبل الأنتخابات الرئاسية سوف تغير من الخريطة السياسية مشيراً إلي تخوف الأقباط من بعض المرشحين الذين ينتمون إلي التيار الديني سوف يجعل شباب الأقباط وأئتلاف شباب ماسبيرو لهم دور في توجيه المسيحيين في أختيار المرشح الرئاسي الذي يضمن لهم كافة حقوقهم ولكن هذه المؤشرات بحسب المصدر ستكون في مصلحة عمرو موسي وشفيق لأن الأقباط يرون فيهم حماية لهم وضماناً لهم في العديد من الملفات . وأضاف الخبير السياسي أن وجود البابا يضفي علي الكنيسة والأقباط نوعاً من الأتزان بقرارات وتعليمات الكنيسة المتعلقة بالتصويت والمشاركة في الأنتخابات ولكن مع وفاه البابا من الصعب ان يلتزم شبباب ألقبط بمرشح بعينه في الأنتخابات الرئاسية خاصوة وأن أنتخابات أختيار البابا سوف تتم خلال 40 يمواً أي في بداية شهر مايو القادم وقبل الأنتخابات الرئاسية بأيام معدودة وبالتلي لن يكون القائم مكان البابا في أمكانية السيطرة الذي كان يقوم به البابا شنودة وأصدر تعليماته للأقباط في هذا الشأن خاصة ان الجميع ينتظر البابا الجديد ومن سيكون وهل سيكون توافقياً أم لا . ومن جهته أكد القس رفعت فكري راعي الكنيسة الأنجيلية بشبرا علي أن شباب الأقباط لن يتأثروا بتعليمات الكنيسة في دعم أي مرشح رئاسي خاصة وأن هؤلاء الشباب قد أنخرطوا في الحياه السياسية منذ قيام الثورة علي العكس تماماً من قبلها مشيراً إلي أن أنضمام شباب الأقباط الي أحزاب سياسية وتواجدهم في الشارع سيجعل أختيارهم لمرشحي الرئاسة نابعاً من أختياراتهم الخاصة بهم وليس بناء علي تعليمات او أوامر من البابا القادم .