أكدت مصادر قضائية أن المستشار هشام رؤوف قاضي التحقيقات يقوم حاليا باستكمال التحقيقات في وقائع الفساد وإهدار المال العام المتهم بها الفريق أحمد شفيق وزير الطيران ورئيس الوزراء الأسبق والمرشح الرئاسي الحالي ، وأكدت المصادر القضائية أنه لا صحة لقيام نيابة الأموال العامة بمباشرة التحقيق في بلاغات اتهام شفيق وإنما قاضي التحقيق هو المختص وأكدت المصادر أن كافة البلاغات القضائية القديمة والحديثة التي قدمت ضد أحمد شفيق من عدد من الأفراد كان قد تمت إحالتها لأحد مستشاري التحقيق المنتدبين من وزير العدل . وكان عدد من مقدمي البلاغات ضد أحمد شفيق قد توجهوا إلى مقر نيابة الأموال العامة العليا اعتقادا منهم بأنها الجهة التي تتولى التحقيق في تلك البلاغات، غير أنه تبين لهم أن النيابة لا تباشر أية تحقيقات في هذا الشأن كونها غير مختصة، وأن الاستدعاءات التي تلقوها للإدلاء بأقوالهم في تلك البلاغات جاءت من جانب قاضي التحقيق المنتدب المستشار هشام رؤوف. وكان رجل الأعمال عبدالحميد عامر، قد قدم 11 بلاغا ضد شفيق، يتهمه فيها بالفساد وإهدار المال ، كما تفحص جهات التحقيق بلاغات أخرى من العاملين بوزارة الطيران المدنى، وصل عددها إلى حوالى 24 بلاغا, تحمل جميعها اتهامات لشفيق بإهدار المال العام، وأنه قام بإرساء العديد من الأعمال الإنشائية بمبانى المطار رقمى 2 و3 بالأمر المباشر على أصدقائه، خصوصا مجدى راسخ صهر علاء مبارك، ومحمود الجمال صهر جمال مبارك، وأهدر ملايين الجنيهات. قالت البلاغات إن شفيق باع 300 ألف متر مربع من الأراضى الكائنة بزمام وزارة الطيران المدنى لرجل الأعمال فهد الشبكشى بسعر جنيه واحد للمتر، ومثلها لرجل الأعمال وجدى كرارة بسعر واحد جنيه للمتر، و4 آلاف متر لشركة مورتيل العالمية، وذلك لبناء فندق بمطار 3 بالأمر المباشر وبدون مناقصة. وذكرت البلاغات أيضا أن شفيق باع الطائرات المملوكة لمصر للطيران واستبدلها بطائرات جديدة غير مملوكة لمصر للطيران بل مؤجرة بنظام الشراء التأجيرى، وبأقساط دائنة لأصول مصر للطيران بنظام الرهن، وقام بإدراج الطائرات المباعة بميزانية مصر للطيران على أنها إيرادات بدلا من أصول ثابتة للتغطية على الخسائر والأموال المنهوبة من الشركة، حيث بلغت خسائر شركة الخطوط الجوية بمصر للطيران بمفردها 500 مليون جنيه مصرى فى ميزانية العام السابق تحت علم الجهاز المركزى. وذكرت أن الوزير السابق قام ببناء ممر رابع بمطار القاهرة، وكذلك برج مراقبة جديد تكلفته مليار ومائتى وخمسين مليون جنيه على الرغم من وجود 3 ممرات وبرج، مع أن كثافة حركة الطيران بمطار القاهرة لا تستدعى هذا الإنفاق، كما أن مطار فرانكفورت بألمانيا به 3 ممرات فقط. ونسبت البلاغات لشفيق بناء مول تجارى أمام صالة 2 بتكلفة مائة مليون جنيه، ولم يتم استغلاله تجاريا، حيث فشل المشروع لعدم تحقيق أى عائد مجز، فتم تحويل المول إلى كافتيريات ومحال مغلقة لا تدر أى إيراد، وجاء هذا الفشل نتيجة لدراسة الجدوى الخاطئة والمجاملة فى إرساء عقود هذه المشاريع على بعض المعرفة والمقربين. كما تضمنت الاتهامات شراء أثاث لاستراحة كبار الزوار بمبنى الركاب رقم 2 بتاريخ 22 سبتمبر 2003 لصالح شركة جاليرى منصور، إحدى شركات عائلة وزير النقل السابق محمد منصور، بقيمة 22 مليوناً و628 ألف جنيه.
